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蛋白质生信分析
蛋白质生物信息分析
基本性质分析: /protparam/
参考文献: Gasteiger E., Hoogland C., Gattiker A., Duvaud S., Wilkins M.R., Appel R.D., Bairoch A.; Protein Identification and Analysis Tools on the ExPASy Server; (In) John M. Walker (ed): The Proteomics Protocols Handbook, Humana Press (2005). pp. 571-607
翻译后修饰：
信号肽预测http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP-3.0/
残基磷酸化预测：http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/
跨膜结构预测：http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/
http://bp.nuap.nagoya-u.ac.jp/sosui/
http://www.sbc.su.se/~miklos/DAS
亚细胞定位： http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/
http://psort.hgc.jp/
1一级结构分析：/protscale/
1二级结构分析：http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_sopma.html
Significant improvement in protein secondary structure prediction by consensus prediction from multiple alignments., Cabios (1995) 11, 681-684
Network Protein Sequence Analysis TIBS 2000 March Vol. 25, No 3 [291]:147-150
1二级结构预测：http://www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/
CPHmodels-3.0 - Remote homology modeling using structure guided sequence profiles Nielsen M., Lundegaard C., Lund O., Petersen TN Nucleic Acids Research, 2010, Vol. 38, doi:10.1093/nar/gkq535 View the abstract. CPHmodels 2.0: X3M a Computer Program to Extract 3D Models. O. Lund, M. Nielsen, C. Lundegaard, P. Worning Abstract at the CASP5 conferenceA102, 2002.
三级结构： http://geno3d-pbil.ibcp.fr/
/workspace/index.php?func=modelling_simple1
参考文献：
Bulfer, S.L., Scott, E.M., Couture, J.F., Pillus, L., Trievel, R.C. Crystal structure and functional analysis of homocitrate synthase, an essential enzyme in lysine biosynthesis. (2009) J.Biol.Chem.284: 35769-35780
Benkert P, Biasini M, Schwede T. (2011). Toward the estimation of the absolute quality of individual protein structure models. Bioinformatics, 27(3):343-50.
Arnold K., Bordoli L., Kopp J., and Schwede T. (2006). The SWISS-MODEL Workspace: A web-based environment for
protein structure homology modeling. Bioinformatics, 22,195-201
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