Freesurfer之感兴趣脑区映射及显示.docx

Freesurfer之ROI映射步骤总结前提条件：完成Ubuntu系统及Freesurfer软件的安装配置，熟悉使用Freeview;完成数据预处理，包括recon-all subjects –all 及 recon-all subjects –qcache;知道基于freesurfer的几个matlab 函数用法：load_mgh, save_mgh, read_annotation.[vol, M, mr_parms, volsz] = load_mgh(fname,slices,frames,headeronly)save_mgh(vol,fname, M, mr_parms), M is the 4x4 vox2ras transform[vertices, label, colortable] = read_annotation(filename [, verbosity]).mgh及.mgz是freesurfer使用的MRI volume格式，类似于NifTI, 需用load_mgh和save_mgh函数打开读取或生成.mgh格式文件，从而在freesurfer上使用。导入matlab函数在freesurfer的安装路径下，有一个名为matlab的文件夹，里面有一些.m文件用于处理图像，把这个文件夹及子文件夹添加到Matlab路径即可。另一种方法：在终端启动freesurfer，在这个环境下运行matlab，也可以使用这些.m文件（也就是load_mgh等函数）。整理好被试数据，每一被试的所有数据分别在一个目录下（预处理后默认存放形式） 统计同组所有被试皮层特征的均值：所有基于顶点的皮层测量值均保存在/surf目录下，有左右侧大脑的皮层厚度、灰质体积、皮层表面积、曲率、脑沟深度，以左脑皮层厚度为例说明：如下图所示，lh.thickness是未向标准空间配准的，lh.thickness.fsaverage.mgh是已经向标准空间配准的，剩下的分别用 0, 5, 10, 15, 20, 25 FWHM高斯核函数进行平滑处理的标准化图像。为何标准化？这样可使不同被试的大脑皮层有完全相同的顶点数，也就是左右侧大脑分别有163842个顶点，共327684个。此外，有多个平滑参数可选，一般选FWHM为10的平滑图像，平滑核太小不利于消除噪音，平滑核过大则会使图像信息损失过多。程序——计算同组被试同一皮层特征的平均值：最后生成的皮层特征平均图：编辑需映射的特征文件：程序说明：根据分类性能确定重要脑区及其权重，如RTLE-NC surface area 分类有31个重要特征，同时也有对应的31个分类权重，由于分类权重过小，利用mapminmax函数把所有权重值映射到0.1-1之间（选择0.1是为了避免权重为0 的特征）；把重要脑区分配到左右脑，序号小于等于34为左脑脑区，大于35为右脑脑区； 通过read_annotation函数获取各个脑区对应那些顶点及其位置，根据这些顶点对特定重要脑区赋予权值，非重要脑区的顶点赋零，最后调用save_mgh函数生成具有权值的特征文件。代码： 生成的具有权重的重要脑区特征文件：Freeview使用先在终端启动freesurfer, 分别输入以下三条指令即可：tcshsetenv FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfersource $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh启动状态如下：然后在终端输入freeview, 初次使用可能提示缺少插件，运行这条指令：sudo apt-get install libjpeg62-dev；Freeview界面如下图所示：Freeview主要用来可视化，把皮层差异映射到脑模板上，脑膜版的形式主要有软膜表面pial, 膨胀表面inflated及球形表面三种。Freeview可以从三维立体观看皮层表面的差异，默认条件下显示左侧面及右内侧，想要看其他方向需要手动旋转，任一面都可以看，但调整到如正侧面，正后面，正前面就比较难刚刚好调到位置。先在surface选项把freesurfer安装目录下的/subjects/fsaverage/surf文件夹里的lh.pial和rh.pial模板导进来，再通过左侧面板中的Overlay菜单选择load generic把.mgh文件到进入来，在Configure Overlay处可修改colorbar的显示形式。 圆球表面视图 膨胀表面视图映射ROI到皮层模板表面将步骤三生成的同组被试同一特征平均值到皮层模板上。Colorbar有三种形式：Heat, Wheel 及Custom，显示效果较好的是Wheel，如下图所示。Colorbar的取值范围应根据相应特征