学习课件第2讲-生物信息数据库.pptVIP

生物信息学 生物信息数据库 数据库介绍与检索 主要内容 一、分子生物学数据库简介 二、 三大门户网站 一、 分子生物学数据库简介 北京大学生物信息中心 /chinese/ 核酸序列数据库 国际上权威的核酸序列数据库 （1）欧洲分子生物学实验室的EMBL http://www.embl.de/ （2）美国生物技术信息中心的GenBank /Web/Genbank/index.html （3）日本遗传研究所的DDBJ http://www.ddbj.nig.ac.jp/ 蛋白质序列数据库 生物大分子结构数据库 1、PDB（Protein Data Bank） （/） 2、MMDB(Molecular Modeling Database) （/Structure/ ） 其它生物分子数据库 二、三大门户网站 NCBI EBI SIB 共同特点: 拥有庞大的一级数椐库、大量工具软件和广泛的外联 NCBI 美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information, NCBI） NCBI成立于1988年，其主要工作是开发以GenBank为代表的数据库，进行计算生物学研究，开发用于分析基因组数据的软件工具，发布生物医学信息。 Entrez是NCBI著名的用于提取序列信息的工具，它将科学文献、DNA和蛋白质序列数据库、蛋白质三维结构数据、种群研究数据以及全基因组组装数据整合成一个高度集成的系统。类似于EBI的SRS（见下文），是一个查询、提取和显示系统。 The original version(1991) of Entrez had just 3 nods,now grown to nearly 20 nods EBI www.ebi.ac.uk 欧洲生物信息学研究所（European Bioinformatics Institute, EBI） EBI通过EMBL核酸数据库提供了序列搜索的服务。通过它的序列提取系统——SRS6，我们可以用十几种不同的方法（如用关键字）搜索我们想要的序列。EBI还资助了Ensembl项目，Ensembl是一个用于对各类物种基因组进行生物信息学分析的非常完备的网站。 SIB 瑞士生物信息研究所(Swiss Institue of Bioinformatics，SIB)。 用于获取蛋白质序列和相关数据的最有用的资源之一就SIB提供的蛋白质专家分析系统： SWISS-PROT, ExPASy（Expert Protein Analysis System）。 http://www.expasy.ch/ 数椐库访问示例 —— 视黄醇结合蛋白 视黄醇结合蛋白RBP4 （retinol-binding protein） 一种大量分泌的、小体积的蛋白，能结合血液中的视黄醇（维生素A）。视黄醇可从胡罗卜中以维生素A的形式获得，疏水程度大。RBP4帮助转运这个配体到眼睛为视觉系统所用。 GBFF（GenBank flatfile）  GenPept—— GenBank平面文件格式 概 述 GenBank、EMBL、DDBJ每天都相互同步更新各自的数据库，那么它们是怎样交换数据的呢？ 这里引入GBFF（GenBank flatfile, GenBank平面文件）格式。 GBFF是GenBank数据库的基本信息单位，是最为广泛使用的生物信息学序列格式之一。 GBFF文件示意 LOCUS SCU49845 5028 bp DNA linear PLN 21-JUN-1999 DEFINITION Saccharomyces cerevisiae TCP1-beta gene, partial cds; and Axl2p (AXL2) and Rev7p (REV7) genes, complete cds. ACCESSION U49845 VERSION U49845.1 GI:1293613 KEYWORDS . SOURCE Saccharomyces cerevisiae (bakers yeast) ORGANISM Saccharomyces cerevisiae Eukaryota; Fungi