第九章蛋白质相互作用与定量蛋白质组学试卷资料.ppt

 蛋白质相互作用与定量 蛋白质组学研究技术 主要内容： 蛋白质相互作用主要研究技术 酵母双杂交技术进展 TAP（Tandem Affinity Purification)技术进展 自动化、高通量酵母双杂交技术和TAP技术 定量蛋白质组学研究技术 八、双杂交系统及其应用 主要商业公司： APPLIED BIOSYSTEMS BIOSIGNAL PACKARD INC. CLONTECH INVITROGEN ORIGENE TECHNOLOGIES INC. PROMEGA CORP QBIOGENE STRATAGENE Clontech 公司的酵母双杂交系统 诱饵基因的扩增和表达载体的构建 诱饵表达载体转化到酵母中,验证对酵母的毒性和自激活实验 猎物文库的选择(预转化的文库和预制的文库),文库扩增,质粒提取 诱饵和猎物用共转化或交配(Mating)的方法转化到同一酵母中 涂布到约50个筛选平板上 菌落长出后，挑取阳性菌落作beta-gal报道基因实验 菌落PCR扩增猎物基因，测序 Blast分析得到猎物基因序列 阳性相互作用的重新验证(Co-IP,pull-down,共定位等功能实验） 从事大规模酵母双杂交的研究机构 特点： 高纯度 一次实验可以鉴定多个组分 体内纯化复合体 材料需要量少 花费低、时间少 靶蛋白可能含有TEV 蛋白酶切位点 EGTA可能影响复合体的稳定 十、自动化、高通量 酵母双杂交技术和TAP技术 在药物开发中的应用 Awarded US Patent on p10 Tumor Suppressor Gene Cholesterol Disorders Represent Novel Drug Targets Discovers Novel Hepatitis C Target Discovers High Cholesterol Gene Novel Drug Target for Colorectal Cancer Novel Drug Target for Hepatitis B Novel Prostate（前列腺） Cancer Gene Major Cause of Hereditary Obesity Major Depression（抑郁） Gene Protein Complex Bacteria Rain J.C ., etal. The protein-protein interaction map of Helicobacter pylori. Nature 409,211-215( 2001) 幽门螺旋菌（导致胃病） 128 191 68×proteome Library screening S.cerevisiae (~6000ORFs) 34 113 11 ×proteome Library screening S.cerevisiae (~6000ORFs) 3 170 15×proteome Library screening S.cerevisiae (~6000ORFs) 105 841 3844 assays of pools 96×96 Pools of baits and prey S.cerevisiae (~6000ORFs) 12 175 430 assays of pools 96×96 Pools of baits and prey S.cerevisiae (~6000ORFs) 109 281 692 192 ×proteome proteome ×proteome Protein arrays Pools of prey S.cerevisiae (~6000ORFs) Already known Detected interactions Number of assays (bait×prey) Technology Organism Yeast Viral genome 2 2 0 5 10 ×proteome 22 fragments ×proteome Protein array Library screening HCV(10ORFs) 4 25 Random × Random Library screening T7 9 37 proteome ×proteome Protein array Vaccinia vrius (~266ORFs) Already known Detected interactions Number of assays (bait×prey) Technology Organism McCraith S.,et al. Genome-wide analysis of va