基因组序列分析实例幻灯片.pptVIP

建树的方法及甄选 系统发育分析的建树方法都需要设定一个进化模型。树的标准在一定程度上依赖比对和取代模型。 重建系统树的方法有很多，不同的方法在不同的情况下应用所得的结果存在差异。因此，了解各种方法的优缺点并根据自己科研的需要选择合适的建树方法很重要。 目前建树的主要方法 邻接法（neighbor-joining method，NJ）：是基于最小进化原理经常被使用的一种算法，他不检查所有的拓扑结构，能同时给出拓扑结构和分支长度。计算机模拟表明它是最有效的基于距离数据重建系统树的方法之一。 优点：重建的树相对准确，假设少，计算速度快，只得到一棵树。 缺点：将序列上的所有点同等对待，且所分析序列的进化距离不能太大。 总结：NJ法适合用于进化距离不大，信息 位点少的短序列。如近源物种序列分析。 最大简约法（maximum parsimony method，MP）：对某一个可能的树，首先对每个位点祖先序列的核苷酸组成做出推断，然后统计每个位点，用来阐明差异的核苷酸最小替换数目。 优点：MP发对于分析某些特殊的分子数据（如插入、缺失）有用。分析的序列上没有回复突变或平行突变，且被检验的序列位点数很大时，MP 能获得正确的（真实）的系统树。 缺点：MP法推导的树不是唯一的，在序列分析上存在较多的回复突变或平行突变，而被检验的序列位点数有较少的时候，MP可能会出现错误。 总结：MP法