动物分子进化-罗丹-12016000799.pptVIP

谢谢望批评指正 罗丹拜上 基于线粒体ND4基因序列的金线鲃属鱼类（鲤形目：鲤科）分子系统发育关系罗丹12016000799 指导老师：肖蘅 目录 1 2 3 4 鱼类分子系统发育研究中的分子标记与推断方法 金线鲃属鱼类研究现状 材料与方法 结果与讨论 1：鱼类分子系统发育研究中的分子标记与推断方法 分子系统发育是指基于分子数据尤其是DNA序列来研究有机体间的进化关系 1：鱼类分子系统发育研究中的分子标记与推断方法 根据所要研究鱼类类群亲缘关系的远近，从线粒体基因组或核基因或其他DNA区段作为遗传标记即为分子标记的选择。 选用相对保守的区域 远缘物种的研究 近缘物种的研究 选用进化速度比较快的区域 1：鱼类分子系统发育研究中的分子标记与推断方法 线粒体基因组因为其不同区段具有不同的进化速率，因此可以根据研究者的需要选择不同的基因片段作为分子标记。 1：鱼类分子系统发育研究中的分子标记与推断方法 核基因组标记 D-loop 12SrRNA、16SrRNA ATPase6、ATPase8 CYTB、ND4、ND4L 1：鱼类分子系统发育研究中的分子标记与推断方法 线粒体控制区因为其进化速率高于其他线粒体基因，通常把它作为研究种内群体间的分子标记。 线粒体核糖体基因12SrRNA、16SrRNA基因由于进化速率较慢，因而适用于远缘物种的亲缘关系研究，通常作为鱼类科间的分子标记。 细胞色素B基因比较适合用来研究鱼类种间的系统发育关系，与之相同的基因还有：ND4、ND4L、COI等。 CYTB 12SrRNA 16SrRNA 线粒体 控制区 1：鱼类分子系统发育研究中的分子标记与推断方法 得到DNA序列数据之后，需要一定的构树方法来构建具体类群的分子系统发育关系。从DNA序列构建出可靠的分子系统树，即是分子系统发育推断 D B C A 距离法（NJ、UPGMA) 最大简约法（MP） 最大似然法（ML） 贝叶斯推断（BI） 分子系统发育推断方法 2：金线鲃属鱼类研究现状 金线鲃属鱼类隶属于硬骨鱼纲（Osteichthyes）、鲤形目（Cypriniformes）、鲤科（Cyprinidae）、鲃亚科（Barbinae），是我国特有的并且仅发现于在云南省、贵州省和广西省特殊喀斯特地貌形成的溶洞、地下河及与地下河相连的地表水中。 2：金线鲃属鱼类研究现状 2：金线鲃属鱼类研究现状 该鱼类物种丰富（迄今报道已超过50种），其中20多个物种为洞穴种，约占世界洞穴鱼类数量的20% 2：金线鲃属鱼类研究现状 随着金线鲃鱼类物种的增加，探讨金线鲃属鱼类物种间的发育系统关系必然成为令人感兴趣的课题。 划分为金线鲃指明亚属和驼背鲃属 单源群 两个亚属 假设太多 分子 形态 细胞色素b基因为分子标记，对金线鲃属23个种和4个未定种的分子系统发育关系进行了研究 3：材料与方法 3.1. 标本的采集与保存 本研究收集了来自54个地点的30种金线鲃和12个金线鲃未定种，总共97个个体的金线鳃样本。外群四须鲃属(Barbodes)的宽头四须鲃Barbodes laticeps采自贵州安顺镇宁。金线自B属鱼类的分布情况及采样地点见图2．1，图中小三角形表示采样地点。样本的种名、采集地、数量和实验编号详情见表2．1。 3：材料与方法 第一步 第二步 第三步 总DNA的提取，采用天根公司生产的DNA提取试剂盒提取基因组DNA。 PCR扩增（设计引物并作PCR） DNA序列分析(纯化后的PCR产物经测序反应后直接进行测序。测序引物使用PCR扩增引物，尽行正反链双向测序，以保证序列的准确性) 3：材料与方法 序列编辑、排序及单倍型统计 序列通过DNAStar软件包中的Editseq和Seqman进行编辑，用Megal ign中Clustal Method进行排序。在排序的过程中，为保证排序结果的准确，按照ND4基因从起始密码子开始推测的氨基酸序列进行排序，并用肉眼进行校对。对于位于序列5’和3’端的引物序列，在排序过程中一律切除不予考虑。排序后的序列数据使用DnaSP3．53转换成其它软件识别的格式。然后用DAMBE 4．0．统计分析序列单倍型。 3：材料与方法 碱基组成与变异分析 1.用MEGA6.0统计分析序列中四种A、C、G和T碱基的含量，以及序列的变异情况。 2 .碱基替换饱和和效应的检验 3 系统发育信息检验 最大简约法原则 gl 统计分析 最大似然法原理的方法 PTP检验 我们使用PAUP 进行PTP检验(permutationtail probability test)和gl统计分析。 3：材料与方法 应用PAUP4．O