第六章1生物信息学详细讲义.pptVIP

本章概要 1、蛋白质结构的简要回顾 2、蛋白质结构分析的技术平台 3、蛋白质二级结构预测 4、常用蛋白质数据库介绍 1、蛋白质结构的简要回顾 1.1 蛋白质结构概述 1.2 蛋白质基本特性分析 1.3 蛋白质拓扑结构、折叠和三维结构模型 1.1 蛋白质结构概述 1.2 蛋白质基本特性分析 一级结构的基础上可分析：分子质量、分子式、等电点、氨基酸组成、理论消光系数、疏水性、稳定性等物理、化学特征。 常用软件：ProtParam /tools/protparam.html 1.2 蛋白质基本特性分析 蛋白质结构域、基序与结合部位分析，以此来建立结构域的数据库和相应预测模型。主要数据来源于SCOP和CATH等结构分类数据库。通过PredictProtein (http://cubic ./predicProtein)可获得有关的大部分信息。 结构域：多肽链上那些可折叠为球状结构的特殊片段，并发挥特殊的生物学功能。 基序(motif)：通常是指蛋白质相互作用中最小的功能单位，一般位于球形蛋白质的表面。 结合部位(binding site):则是指蛋白与蛋白或其配体结合的具体部位，通常是一个或几个氨基酸残基。 1.3 蛋白质拓扑结构、折叠和三维结构模型 通过蛋白质的3D模型来推断和预测次级结构是目前结构生物信息学的热点之一。目前应用最广泛的DSSP(ht