Genomics第1章课件.pptVIP

一级结构（primary structure）：是由氨基酸通过肽键连接成一条多肽链形成，由一个氨基酸的羧基和另一个氨基酸的氨基进行缩合反应产生。多肽链在长度上很少有超过2000个单位。 多肽链两端的化学性质不同，一端有一个自由氨基基团，称为氨基或N端；另一端有一个自由羧基基团，称为羧基或C端。故多肽链的方向可表示为N→C或C → N。 多肽中，氨基酸由肽键相连 二级结构（secondary structure）：指多肽采取的不同构象。二级结构两种主要形式是α螺旋（α-helix）和β片层（β-sheet）。二者都由多肽的不同氨基酸之间形成的氢键所稳定。 多肽链以轮廓图来表示，将R基团略去。每个结构由不同肽键的CO和NH基团之间形成的氢键所稳定。 三级结构（tertiary structure）：是将多肽链的二级结构组分折叠成为三维构型而形成的。 它被各种化学力所稳定，主要是氨基酸残基之间的氢键和带电荷的氨基酸R基团之间的静电相互作用，以及疏水相互作用。另外，多肽链不同位置上的半胱氨酸残基之间可以产生共价连接，即二硫键。 蛋白质的三级结构 四级结构（quaternary structure）：即两条或更多已形成三级结构的多肽链组合在一起形成一个多亚基蛋白质。不是所有蛋白质都有四级结构，但它是多种具有复杂功能的蛋白质的特征。 一些四级结构通过不同多肽间的二硫键结合在一起，但很多蛋白质通过氢键和疏水作用来稳定。 2. 蛋白质的多样性取决于氨基酸的多样性 氨基酸的多样源于R基团。 氨基酸的R基团 蛋白质由20种氨基酸组成。 20种氨基酸并不意味着蛋白质的化学多样性会受到限制。由于以下两方面的因素，蛋白质可以具有更大程度的多样性。 ① 至少还有两个氨基酸即硒代半胱氨酸和吡咯赖氨酸，可以在蛋白质合成时被插入到多肽链中，它们的插入受遗传密码的修饰性阅读所指导。 ② 蛋白质加工过程中，某些氨基酸上可加入新的化学基团而被修饰，如乙酰化和磷酸化，或连接一些糖单位构成的大型侧链。 1.3.2 蛋白质组 蛋白质组包括了在特定时间存在于细胞中的所有蛋白质。 一个典型的哺乳动物细胞，如肝细胞，含有10000-20000种不同的蛋白质，共有8×108个蛋白质分子，占细胞总重量的18-20%。 各种蛋白质的拷贝数差别很大，量少的每个细胞中不足20000个，最多的可达1亿个。 每个细胞中拷贝数大于50000的蛋白质被认为是含量较丰富，通常哺乳动物中约有2000种蛋白质属于此类。 这些丰富蛋白质大多属于管家蛋白，执行所有细胞中普遍的生化活动。 1. 转录组和蛋白质组的联系 转录组和蛋白质组之间联系的第一个重要成分-tRNA 信息通过转录从DNA到RNA并不难理解，DNA和RNA结构相似，一个基因的RNA拷贝通过碱基配对原则合成是容易理解的。 但在基因组表达的第二阶段，转录组的mRNA分子指导蛋白质的合成，如果仅考虑分子结构就不那么容易理解。 Francis Crick预测mRNA及其合成的多肽间存在着将二者联系起来的接头分子才打破了这种僵局。此后不久，人们意识到tRNA就是这种接头分子。 转录组和蛋白质组之间联系的第二个重要成分-遗传密码 遗传密码特异地决定一个mRNA核苷酸序列如何被翻译成一个蛋白质的氨基酸序列。 遗传密码 色氨酸和甲硫氨酸仅有一个密码子，其他氨基酸都有2、3、4或6个密码子。密码的这一特性叫做简并性。 密码中有4个标点密码子，用于表明mRNA中核苷酸序列翻译起始和终止的位置。 - 起始密码子，通常为5’-AUG-3’, 它也是甲硫氨酸的密码子（所以多数新合成的多肽以甲硫氨酸开始），尽管在有的mRNA中也使用其他起始密码子，如5’-GUG-3’和5’-UUG-3’。 三个终止密码子，分别为5’-UAG-3’、5’-UAA-3’和5’-UGA-3’。 mRNA中标点密码子的位置 2. 遗传密码并不通用 上图所示的密码子适用于大多数生物体中的大多数基因，但偏差也广泛存在。尤其是线粒体基因组，通常使用非标准的密码。 3. 蛋白质组和细胞生化功能之间的联系 蛋白质能够执行多种生物学功能，包括 - 生化催化作用：是一种叫做酶的特殊蛋白质所具有的功能。 - 结构：在细胞水平是由组成细胞骨架的蛋白质决定的，某些胞外的蛋白质也主要起结构功能。 - 运动：通过收缩蛋白实现。如肌动蛋白和肌球蛋白。 - 运输：如血红蛋白运输血流中的氧，血清蛋白运输脂肪酸。 - 细胞进程的调节：是通过信号蛋白及活化调节因子。 - 保护：包括抗体以及参与凝血反应的蛋白质。 - 储存功能：如铁蛋白在肝脏中储铁，麦醇溶蛋白在休眠的小麦种子中储存氨基酸。 螺旋由两种化学相互作用来稳定 ① 两条链间的碱基配对（base pairi