SMRTPortal环化及纠点工作..doc

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2017-01-09 发布于重庆
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SMRTPortal环化及纠点工作.

SMRT Portal环化及纠点工作环状基因组环化，并环化如果结果是“complemented”，则先反转序列，再重新。：导出连接好的染色体序列，“file”--“Export Consensus……”，命名结果文件。最后保存consed记录，在，到此，基因组序列环化工作结束。skew more temp.gc 可以看出复制起始点在1637K～1639K左右。选取一个平均数或者中位数，作为复制起始点。然后截取片段，连接，操作和第1种方法的操作相同。质粒环化。如果存在质粒序列，其环化工作与上述的基因组环化相同，不过质粒可能没有dnaA基因，而且GC skew不明显，那么此时的环化就只是单纯的将首尾的重复片段除掉一份，不需要调整。基因组校点组装一般使用bwa、samtools做map，得到snp、indel信息。