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生物网络分析及比对概述(（上海大学 工程与科学学院，上海200072）生物网络是复杂网络，也是以系统科学的思想研究生命科学的桥梁。网络中的节点可以是蛋白质，基因，RNA或DNA等，网络的边对应节点之间的物理、生化或功能上的相互作用。生物分子之间的相互作用并不是一成不变的，反映在基因调控网络上，则节点之间的边会因时间、空间或外部环境的变化而发生变化网络比较和分析是生物网络的研究重点。网络中生物分子及其相互作用的显著变化，形成差异性网络，这种差异性变化对细胞信号传导、细胞发育、环境压力、药物治疗以及疾病状态的转变具有重大的参考价值本文对网络进行总结并介绍近年来采用的不同分析方法?biological network analysis and comparison Lu Dongfang (School of Computer Engineering and Science, Shanghai University, Shanghai 200072, China) Abstract: Biological network is not only a complex network, but also to bridge research idea of life of system science. The nodes in the network can be protein gene, RNA, or DNA, between the physical network edge corresponding to nodes, biochemical interaction or function. The interaction between the biological molecules is not immutable and frozen, reflected in the gene the regulation of the network, the node between the side because of the time, space or changes in the external environment changes. The comparison and analysis of the network is the focus of research on biological networks. Significant changes in biomolecular networks and their interactions in the formation of different network, change the difference of cell signal transduction, cell growth, environmental pressure change, drug therapy and disease status is of great reference value. This paper summarizes the biological network, and introduces the different analysis methods used in recent years. Key words: biological networks; gene regulation; differential network 1 背景介绍生物网络是复杂网络，也是以系统科学的思想研究生命科学的桥梁[, 2]。网络中的节点可以是蛋白质，基因，RNA或DNA等，网络的边对应节点之间的物理、生化或功能上的相互作用。目前备受关注的包括基因调控网络（gene regulatory network）、蛋白质相互作用网络（protein-protein network）、转录调控网络（transcription regulatory network）、代谢网络（metabolic network）等。 生物分子之间的相互作用并不是一成不变的，反映在基因调控网络上，则节点之间的边会因时间、空间或外部环境的变化而发生变化，或者说，生物网络中的边具有不确定性，只是以一定的概率存在，在特定的情况下，生物网络具有“重布线”(rewiring) 的能力。而且，网络中不仅节点之间存在依赖关系，边之间也存在依赖关系，即一种调控关系的出现或消失往往伴随着其它调控关系的消失或出现。所以生物网络是属性依赖网络（Dependency Network）。 21世纪是系统科学的时代，如何通过生物实验数据挖掘出生物网络的潜在变化，一直是以系统的方法研究生命现象的热点和难点[]。