xshell解结构..doc

打开命令提示符 进入目录文件D: Cd 文件夹名字（必须是英文） Cd 文件夹名字 Xprep shelxl.hkl 弹出窗口 输入晶胞参数 选择空间群，看cfom值（10），越小越好 回车 Xprep产生三个文件:hkl（衍射数据）, pcf(记录仪器，基本参数), ins A Xs运行ins文件 Ins中，TREF-直接法 RE值应小于0.3 如果大于0.3，xs之前，在ins中TREF后写500 500（最大2000 2000），保存，xs B 若RE值仍大于0.3，xs之前将ins中TREF改成PATT(重原子法，一般是大于Si的), Xs. 观察PATFOM=99.9，如果不是99.9，可能解不出。 Xs 产生res,lst文件. 重原子法refine时要先各向异性，将出现的Q全定为C 高对称空间群不能将原子移动到等效点，移动变形 解结构时若未输入某元素，则在解时可以先命名后保存，然后refine 信息里UEQ热因子0.05,金属更小 指认所有非氢原子，各向异性，根据Q大小判断是否指认完全, wR20.15,判断模型是否正确。检测空间群正确，用pwt打开ins 指认完全后原子编号，排序（sort由重到轻） 加氢，refine。检查电荷是否平衡。Generate cif,-3,51,先不修，在ins输入BOND$H,HTAB，SIZE(由大到小0.34 0.24 0.22), CONF等四个命令，根据lst文件（unit-cell contents）中的正确分子式改ins中分子式(SFAC UNIT )，Z值。Refine 加权重：先精修产生一个权重，再用建议权重精修。U-热因子，多修几轮减小U值 √ Use Suggested Weights Refine max shift=0.000 max du=0.000 Xcif产生表格 xcif a 回车 ...input number next table 1 回车 filename for table...directly a.tab def PS: 用pwt检测cif,把DEF粘到数据文件中，打开cif，pub点cif validate 配位、孤立水分子加氢处理方法: 以O1W为例. 1) 在XP中，用hadd o1w 9命令给O1W加两个氢，得到INS文件中有下面内容 AFIX 93 H1WA 2 -0.57883 -0.15524 -0.09214 11.00000 -1.20000 H1WB 2 -0.78158 -0.04092 -0.08415 11.00000 -1.20000 AFIX 0 2) 删除AFIX 93　和　AFIX 0 3) 把氢温度因子限制条件 -1.2 改为 -1.5 4) 增加下面限制条件 DFIX 0.85 0.01 O1W H1WA DFIX 0.85 0.01 O1W H1WB DFIX 1.34 0.02 H1WA H1WB 5) 为了防止XL出现不稳定，可加DAMP 2000命令，XL稳定后即可去掉再修正。 以上这些主要适合配位水，不适合结晶水。结晶水处理要先手动加氢后，再进行上面的第3）步之后的动作。 另外，1）羟基连一个金属用HADD 8；2）连3个金属用hadd 1，而且连3个金属用hadd 1时，要把温度因子手动改为－1.5。 在cif文件中加入氢键： 1. 首先在*.ins文件中加入HTAB 指令精修一次，然后查看产生的*.lst文件中相关氢键的部分。 2.从*.lst其中找出对称码，在ins文件中加入相应的指令 如EQIV $1 1-x,1/2+y,1-z ... 再找出相应当氢键删除HTAB指令，加入每个氢键的指令 如 HTAB O2 O3 HTAB O1 N2_$1　注：对称码要写正确，不是对称操作产生的原子不要写对称码 ... 然后精修就可以在cif文件的最后中产生氢键列表。 PLATON常用功能1画图（ORTEP格式） 常用的有 Graphic里的ORTEP/ADP,点击此选项可以画出类似ORTEP要求的图片，但是比ORTEP-3用起来要方便的多 Incl-H atoms 可以让你选择是否显示H原子 Probability 让您选择椭球度（10%-90%） ViewOptions 让您选择程序认为的重叠最少的几个视角，如果还是遮挡，则用RotX,RotY,RotZ来调节 LablSize调节标号的大小 Decoration 可以让土周围的那些字去掉（点一