APOBEC3B的相关生物信息学分析..docVIP

20XX届生物信息学 APOBEC3B的相关生物信息学分析 班 级 ： 1 班 姓 名 ： XXX 学 号 ： XXXX 专 业 ： 临床检验诊断学 联系方式: XXXXXX@ 2014年12月30日 APOBEC3B基因是胞苷脱氨酶基因家族中的一个，编码在结构和功能上与RNA编辑C变为U相关的胞嘧啶脱氨酶（APOBEC1）。它编码的蛋白质可能是RNA编辑酶，也可能会在细胞生长或者细胞周期调控中发挥一定的作用。为了分析APOBEC3B基因的生物学信息，通过NCBI查询APOBEC3B基因 mRNA序列和氨基酸序列，使用各大数据库对APOBEC3B基因的启动子、蛋白质结构域进行预测并构建蛋白质同源3D结构。 关键词：APOBEC3B；启动子；转录因子结合位点；蛋白质同源3D结构 查找APOBEC3B基因的mRNA序列和氨基酸序列 进入 HYPERLINK / /,选择“Gene”,输入APOBEC3B 2.在搜索结果中选择第一条题目进入，从下图中的Summary可以确定目的基因 同一个界面中点击，进入如下界面: 从上面的页面中我们可以看到基因APOBEC3B基因转录了两条mRNA链，与之相应的是两条氨基酸链，分别对应的文章题目如下： 从相对应的文章中我们可以得到基因APOBEC3B 的氨基酸序列和mRNA序列： ●transcript variant 1, mRNA 的氨基酸序列为： MNPQIRNPMERMYRDTFYDNFENEPILYGRSYTWLCYEVKIKRGRSNLLWDTGVFRGQVYFKPQYHAEMCFLSWFCGNQLPAYKCFQITWFVSWTPCPDCVAKLAEFLSEHPNVTLTISAARLYYYWERDYRRALCRLSQAGARVKIMDYEEFAYCWENFVYNEGQQFMPWYKFDENYAFLHRTLKEILRYLMDPDTFTFNFNNDPLVLRRRQTYLCYEVERLDNGTWVLMDQHMGFLCNEAKNLLCGFYGRHAELRFLDLVPSLQLDPAQIYRVTWFISWSPCFSWGCAGEVRAFLQENTHVRLRIFAARIYDYDPLYKEALQMLRDAGAQVSIMTYDEFEYCWDTFVYRQGCPFQPWDGLEEHSQALSGRLRAILQNQGN ●transcript variant 1, mRNA 的mRNA序列为： ●transcript variant 2, mRNA 氨基酸序列为： MNPQIRNPMERMYRDTFYDNFENEPILYGRSYTWLCYEVKIKRGRSNLLWDTGVFRGQVYFKPQYHAEMCFLSWFCGNQLPAYKCFQITWFVSWTPCPDCVAKLAEFLSEHPNVTLTISAARLYYYWERDYRRALCRLSQAGARVKIMDYEEFAYCWENFVYNEGQQFMPWYKFDENYAFLHRTLKEILRYLMDPDTFTFNFNNDPLVLRRRQTYLCYEVERLDNGTWVLMDQHMGFLCNELDPAQIYRVTWFISWSPCFSWGCAGEVRAFLQENTHVRLRIFAARIYDYDPLYKEALQMLRDAGAQVSIMTYDEFEYCWDTFVYRQGCPFQPWDGLEEHSQALSGRLRAILQNQGN ●transcript variant 2, mRNA 的mRNA序列为： 分析APOBEC3B基因的启动子区域。 在刚才确定目的基因的页面中点击，得到APOBEC3B基因的DNA序列： 进入 HYPERLINK /molbio/proscan/ /molbio/proscan/，输入APOBEC3B基因的DNA序列： 得到APOBEC3B基因的启动子区域如下： 4. 返回确定目的基因的页面中点击，调整显示碱基序列数目区域38982649，得到APOBEC3B基因的启动子序列为： 三．分析APOBEC3B基因转录因子结合位点。 1.进入 HYPERLINK / /，点击，在左边选择 HYPERLINK /Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Infoid=9606 \t _blank Homo sapiens?,右边的方框里输入启动子序列: 2. APOBEC3B基因的转录因子结合位点搜索结果如下： 分析APOBEC3B基因的蛋白质结构域。 1.进入 HYPERL