基于文本挖掘技术探索青蒿的药理作用规律.docVIP

基于文本挖掘技术探索青蒿的药理作用规律.doc

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基于文本挖掘技术探索青蒿的药理作用规律.doc

基于文本挖掘技术探索青蒿的药理作用规律   [摘要] 该研究基于文本挖掘技术探索青蒿的药理作用规律,利用文本挖掘的方法挖掘了青蒿的主要成分、作用疾病、器官、组织、蛋白、代谢物等信息,制作了网络关系图。挖掘结果显示,青蒿主要成分包括倍半萜类、黄酮类、挥发油类等。相关疾病主要是疟疾、脑型疟疾、恶性疟疾、内脏利什曼病、系统性红斑狼疮等。相关器官主要关联于肝脏、皮肤、气管、肺脏、脾脏等器官;在与组织细胞相关性中,以巨噬细胞、T淋巴细胞、毛细血管、上皮细胞等为主;相关蛋白主要是关联于CYP450,PI3K,TNFα,AASDPPT,DNA聚合酶等;主要作用通路是乙肝通路、糖酵解通路和P53通路。综上发现,利用文本挖掘技术获得了比较客观全面的认识青蒿的药理作用规律,可为临床应用提供有益参考。   [关键词] 文本挖掘;青蒿;药理作用   青蒿为菊科一年生草本植物黄花蒿Artemisia annua L.的干燥地上部分,其性寒、味苦,用于暑邪发热、阴虚发热、夜热早凉、骨蒸劳热、疟疾寒热等。现代研究表明青蒿还有免疫抑制和细胞免疫促进等作用,其提取物青蒿素是我国发现的第一个植物化学药品,也是唯一被世界卫生组织认可的按合成药研究标准开发的中药。此外,青蒿素及其衍生物的药理作用还表现在抗肿瘤、抗寄生虫、抗纤维化、抗心律失常、免疫等多方面[12]。   文本挖掘又称为文本数据挖掘,是指为了发现知识,从文本数据中抽取隐含的、以前未知的、潜在有用知识的过程,也是一个分析文本数据,抽取文本信息,进而发现文本知识的过程[3]。文本挖掘应用于中医药领域,能从大量的中医药文献中发现知识,广泛用于中医临床研究和中药复方研发等多个方面,为中西医药研究提供新的思路和途径。本文借助文本挖掘技术[45],结合原文献回溯、人工阅读分析等方法,对PubMed文献数据库中现有关于青蒿的文献进行挖掘,进一步分析青蒿的临床应用规律,为青蒿的现代应用提供可靠依据。   1 材料与方法   1.1 文本数据收集 以PubMed文献数据库(http:///pubmed/)为数据源,在“精确匹配”状态下,选择“Artemisinin”为关键词展开检索,累计收集相关文献732篇(检索日期2016.05.15),作为文本数据挖掘的原始数据。   1.2 文本数据处理 同一篇文献中重复出现的关键词按1个频次计算。清洗完毕后的数据,用于提取挖掘对象的一维频次,同时进行挖掘对象的二维关系分析,进而实现可视化呈现。采用Cytoscape3.2.1软件抽取不同频次的关键词组,进行可视化处理、形成可视化的网络图。对网络图进行解析,如若发现有违逻辑的计算结果,通过回溯文章、结合实际进行噪音消除。   1.3 文本数据分析 对上述抽提出的数据频次信息(包括疾病、器官、组织、蛋白)进行可视化分析。   1.4 基因蛋白分析 利用Cytoscape3.2.1的Clue GO模块对青蒿药理相关作用蛋白进行聚类分析,整理、分析得到青蒿药理作用的主要通路信息。   2 结果   2.1 青蒿中主要成分 采用文本数据挖掘,发现青蒿中的主要成分包括倍半萜类、黄酮类、香豆素类和挥发油类等,见图1。其相关联的主要成分与其在文献数据源中的出现频次有关,如倍半萜类中的青蒿素、青蒿酸有抗疟作用;黄酮类中的槲皮素、艾纳香素具有抗炎作用;香豆素类中的七叶内酯等具有解热抗炎作用;青蒿挥发油中的烯类是其重要的抗菌成分。   2.2 青蒿作用的疾病 利用数据挖掘得到相关疾病162种,通过人工降噪,抽取出频数排名前5的代表性疾病类型绘制频数图,见图2。分析图2可以得出,文本挖掘到与青蒿相关的主要疾病为疟疾(50)、脑型疟疾(7)、恶性疟疾(4)、内脏利什曼病(2)、系统性红斑狼疮(1)。其中,青蒿作为治疗疟疾的常用药,早在东晋葛洪的《肘后备急方》中就有“青蒿一握,以水二升渍,绞取汁,尽服之”的记载,这是现存最早的应用青蒿治疗疟疾的记载。系统性红斑狼疮(SLE)是自身免疫介导的,以免疫性炎症为突出表现的弥漫性结缔组织病,血清中出现以抗核抗体为代表的多种自身抗体和多系统累及病变是SLE的2个主要临床特征,由于SLE的病理机制复杂、治疗靶点缺乏、相关疾病动物模型周期过长等因素的制约,相关治疗药物进展缓慢。我国诺贝尔奖得主、中国中医科学院屠呦呦研究员在青蒿中青蒿素抗疟研究之后,研究该药治疗新适应症――红斑狼疮开展临床试验的审批有了巨大进展,在国家食品药品监督管理总局的支持下,按照新药审批的有关办法,扩大适应症申请已获得了北京市申请号,并报送国家食品药品监督管理总局药品审评中心,为SLE的治疗提供新希望[6]。目前已获得药物临床试验批准。   2.3 青蒿作用有关的主要器官 文本挖掘共提取到青蒿作用的主要器官有5项,见表

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