组学和医学讲课.ppt

三、蛋白质相互作用研究是认识蛋白质功能的重要内容 蛋白质-蛋白质相互作用是维持细胞生命活动的基本方式。 研究蛋白质相互作用常用的方法有酵母双杂交、亲和层析、免疫共沉淀、蛋白质交联、荧光共振能量转移（FRET）等。 第四节 代 谢 组 学 Metabonomics 代谢组学（metabonomics）就是测定一个生物/细胞中所有的小分子（Mr?1 000 d）组成，描绘其动态变化规律，建立系统代谢图谱，并确定这些变化与生物过程的联系。 一、代谢组学的任务是分析生物/细胞代谢产物的全貌 代谢组学分为四个层次： ① 代谢物靶标分析：对某个或某几个特定组分的分析； ② 代谢谱分析：对一系列预先设定的目标代谢物进行定量分析； ③ 代谢组学：对某一生物或细胞所有代谢物进行定性和定量分析； ④ 代谢指纹分析：不分离鉴定具体单一组分，而是对代谢物整体进行高通量的定性分析。 代谢组学主要以生物体液为研究对象，如血样、尿样等，另外还可采用完整的组织样品、组织提取液或细胞培养液等进行研究。 二、核磁共振、色谱及质谱是代谢组学的主要分析工具 ① NMR：是当前代谢组学研究中的主要技术。代谢组学中常用的NMR谱是氢谱（1H-NMR）、碳谱（13C-NMR）及磷谱（31P-NMR）； ② MS：按质荷比（m/z）进行各种代谢物的定性或定量分析，可得到相应的代谢产物谱； ③ 色谱-质谱联用技术：这种联用技术使样品的分离、定性、定量一次完成，具有较高的灵敏度和选择性。 目前常用的联用技术包括气相色谱-质谱联用（GC-MS）和液相色谱-质谱联用（LC-MS）。 代谢组学研究的技术系统及手段 三、代谢组学数据依赖模式识别技术进行分析 代谢组学所得信息可利用模式识别技术进行数据分析，以达到对样本分类或判别的目的，包括无监督模式识别和有监督模式识别两类。 无监督方法主要用于采用原始谱图信息或预处理后的信息对样本进行归类。应用最广泛的是主成分分析（PCA）和聚类分析。 有监督的方法包括人工神经网络 （ANNs）、偏最小二乘（PLS）、判别函数分析（DFA）等。主成分分析法是模式识别方法。通过将分散于一组变量上的信息集中于几个综合指标上，利用主成分描述机体代谢的变化情况。 第五节 其 他 组 学 一、糖组学研究生命体聚糖多样性及其生物学功能 糖组学（glycomics）侧重于糖链组成及其功能的研究，其主要研究对象为聚糖，具体内容包括研究糖与糖之间、糖与蛋白质之间、糖与核酸之间的联系和相互作用。 （一）糖组学分为结构糖组学与功能糖组学两个分支 糖组（glycome）指单个个体的全部聚糖，糖组学则对糖组（主要针对糖蛋白）进行全面的分析研究，包括结构和功能两方面内容，可为结构糖组学（structural glycomics）和功能糖组学（functional glycomics）两个分支。 糖组学主要要回答4个方面的问题： ① 什么基因编码糖蛋白，即基因信息； ② 可能糖基化位点中实际被糖基化的位点； ③ 聚糖结构，即结构信息； ④ 糖基化功能，即功能信息。 （二）色谱分离/质谱鉴定和糖微阵列技术是糖组学研究的主要技术 1．色谱分离与质谱鉴定技术 2．糖微阵列技术 3．生物信息学 糖微阵列技术是生物芯片中的一种，是将带有氨基的各种聚糖共价连接在包被有化学反应活性表面的玻璃芯片上，一块芯片上可排列200种以上的不同糖结构，几乎涵盖了全部末端糖的主要类型。 （三）糖组学与肿瘤的关系密切 已报道有多种血清糖蛋白可作为肾细胞癌、乳腺癌、结直肠癌等的标记物；糖基化改变普遍存在于肿瘤的发生、发展过程中，分析糖基化修饰对于深入研究肿瘤的发生机制及诊断治疗有着重要的价值；糖基化差异也可用于构建特异的多糖类癌症疫苗，以发展新的免疫治疗策略。 二、脂组学揭示生命体脂质多样性及其代谢调控 脂组学（lipidomics）就是对生物样本中脂质进行全面系统的分析，从而揭示其在生命活动和疾病中发挥的作用。 （一）脂组学是代谢组学的一个分支 脂组学的研究内容为生物体内的所有脂质分子，并以此为依据推测与脂质作用的生物分子的变化，揭示脂质在各种生命活动中的重要作用机制。通过研究脂质提取物，可获得脂质组（lipidome）的信息，了解在特定生理和病理状态下脂质的整体变化。 （二）脂组学研究的三大步骤——分离、鉴定和数据库检索 1．样品分离 2．脂质鉴定 3．数据库检索 脂质主要从细胞、血浆、组织等样品中提取。 常规的技术有薄层色谱、气相色谱-质谱联用、电喷雾质谱、液相色谱-质谱联用、高效液相色谱-芯片-质谱联用、超高效液相色谱-质谱联用、超高效液相色谱-傅立叶变换质谱联用等。 （三）脂组学促进脂质生物标志物的发现和