后基因组时代的生物信息技巧.ppt

连锁不平衡（ LD） 在某一群体中，不同座位上某两个等位基因出现在同一条单元型上的频率与预期的随机频率之间存在明显差异的现象。 微卫星标记 2-4个核苷酸重复 GAACGTACTCACACACACACACATTTGAC TTCGATGATAGATAGATAGATAGATACGT 重复数(→ 30) 具有高度多态性 均匀分布在整个基因组 通过PCR就可以鉴别出来 A C G T G T C G G T C T T A A A Maternal chromosome A C G T G T C C G T C T T A A A Paternal chromosome A C G T G T C G G T C T T A A A Maternal chromosome A C G T G T C G G T C T T A A A Paternal chromosome A C G T G T C C G T C T T A A A Maternal chromosome A C G T G T C C T A C T T A A A Paternal chromosome Individual 1 Individual 2 Individual 3 SNP 单核苷多态(SNP) 单体型 * 单体型即位于一条染色体上或某一区域的一组相关联的SNP位点。 单体型构建 分子实验构建单体型费用昂贵、耗资大 Genotypes → Haplotypes, two alternatives SNP1 AT A T A T SNP2 GC G C C G → 统计统计学推断单体型更可行。 单体型构建 基于家庭的单体型构建 分析软件: Simwalk, Merlin, Genehunter, Allegro... 基于非亲缘的单体型构建 没有基于家庭可靠 EM-算法 (期望最大算法)://www-gene.cimr.cam.ac.uk/clayton/software/ SnpHap PHASE 单体域 域内重组率很低 高度连锁 单体型多样性低 通过较少的SNPs就可以识别大部分的单体型 一般3-5就可以代表90%的单体型 单体域平均大小 非洲人群: 11 kb 其他人群: 22 kb 60%-80% 的基因组的单体域 10 kb 标签SNPS 连锁关联分析主要软件 Plink PBAT Haplo.stats Famhap HAPBLOCK PHASE,plem Haploview IMPUTE Thanks! * * * * * * * * 基因表达的调控：〔不同层次〕 基因网络研究的前提假定和基本原理 基因调控网络是指一组调控因子如何调控一套基因表达的过程. 机体的功能发展来缘于遗传网络间的互作。 基因网络研究的前提假定和基本原理 基因调控网络研究的目的 ※ 识别和推断基因网络的结构、特性和调控关系 ※ 认识复杂的分子调控过程 ※ 理解支配基因表达和功能的基本规则 ※ 揭示基因表达过程中的信息传输规律 ※ 整体的框架下研究基因的功能 基因调控网络构建的方法 ※布尔网络模型： ※线性组合模型： ※加权矩阵模型： 近年来发表的基于微阵列数据进行基因调控网络构建和分析的软件包 基因调控网络整合分析 ※ 基因表达数据 ※ DNA 序列 ※ 转录因子与顺式调控元件相互作用 ※ 蛋白—蛋白相互作用 ※ 蛋白在细胞中的定位等 再结合生物学实验验证，可以完善基因调控网络。经过若干次的建模—模拟—实验循环可以逼近真实的生物学基因调控网络。 第二节 功能基因与蛋白质信息的文本挖掘 文本挖掘的提出 ※雷诺氏病：是一种治疗方法和病因学都未知的血液系统疾病，表现为血液循环紊乱，血液黏度升高。 ※其他文献中发现食用鱼油可以降低血液黏度。 ※ Swanson把这两种知识联系起来提出食用鱼油应该对雷诺氏病病人有帮助的假设。 3年后有人通过临床实验证实了这一点 从文献中可以发现或者挖掘到以前未知的知识 文本挖掘的方法 基于文献的生物信息分析最重要一点就是如何找出隐含的、具有语义关联的生物概念进行下一步的推理，这也是最为复杂的步骤。主要有以下方法： ※ 基于统计的方法 ※ 基于自