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Proteomics and its applications for food authenticationand food-technology research Keywords Food authentication Foodomics Food processing Food technology High-intensity focused ultrasound (HIFU) Mass spectrometry (MS) Microorganism detection Pathogen Proteomics Selected MS/MS ion monitoring (SMIM) 1.介绍 食品工业中的技术进步在全球粮食市场中增加了消费者的利益。 现如今，学术界和 食品科学产业面临着新的挑战：⑴ 安全 ⑵维持机体的健康 ⑶ 抵抗特定疾病因素的发展 2.蛋白质组学 蛋白质组学（Proteomics）一词，源于蛋白质（protein）与 基因组学（genomics）两个词的组合，意指“一种基因组所表达的全套蛋白质”，即包括一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质。 蛋白质组本质上指的是在大规模水平上研究蛋白质的特征，包括蛋白质的表达水平，翻译后的修饰，蛋白与蛋白相互作用等，由此获得蛋白质水平上的关于疾病发生，细胞代谢等过程的整体而全面的认识， 2.1蛋白质鉴定和表征 质谱（MS）是表征和鉴定蛋白质的首选方法 . 蛋白质组的分析通常依赖于随后的MS的一个或多个分离步骤 进行分析。 在被称为肽质量指纹图谱的方法（PMF） 的技术，如二维凝胶电泳（ 2 -DE ） ，是用于隔离一个未知的蛋白质，然后将其酶促消化成肽，并进行MS分析。 另一种方法中，通常被称为肽碎片指纹（ PFF ） ，用串联质谱（MS / MS ）,可以将肽的碎片分离的更细，更明确地识别该蛋白。 2.2差异蛋白质组学 它是通过寻找各种因素引起的蛋白质表达差异，以解释细胞生理和病理机制，即主要通过比较分析不同状态下或近似物种间蛋白质的表达图谱，实现对体系内代谢调控的动态监测，从而揭示机体对内外界环境变化产生反应的本质规律 2.2差异蛋白质组学 在蛋白质水平上的定量信息，例如在不同的样品中对某一特定蛋白做相对定量或者一种蛋白质的绝对定量，确定不同条件之间的差异，是非常有用的。 相对定量可以用不同的方法来实现，可被分类为基于凝胶的，基于标签和无标签方法。 2.3功能蛋白质组学 功能蛋白质组学研究解决不同的蛋白质的功能性相互作用的综合分析。 2.4蛋白质组学工作流程 2.5质谱分析 MS和生物信息学是已经彻底改变了蛋白质组学研究的两个工具，在一个实验中，能够高通量分析数千种蛋白质。简单地说，MS 由在离子源[电喷雾电离（ESI）或基质辅助激光解吸电离（MALDI）]处分析物的电离和被分析物离子的分离组成，这种分离取决于它们的分离质荷比（m / z）的在一个或几个质量分析器[四极杆（Q），离子阱（IT），飞行时间质谱（TOF）或傅立叶变换离子回旋共振（FTICR）]中的偏转。随后，检测器寄存器从分析器释放的离子电流，产生相应的质谱。 3.蛋白质组学在食品认证中的作用 食品认证是涉及食品质量和安全的主要领域之一。多项法规已实施以确保正确的信息，和避免其他种类的替代品。食品物种鉴定历来依靠形态学和解剖学分析。对于亲缘关系近的的种类，特别是对于那些加工过的食品。因此，对于快速的可靠的分子检测方法有着强烈愿望，提供主管部门和食品行业需要遵守标签和可追溯性要求的工具，从而保证产品质量和保护消费者。 蛋白质组学方法最近已被提议作为有希望的战略食品认证方法。蛋白质组学工具利用MS的高通量能力的优点达到对快速，稳固的和敏感蛋白和肽的鉴定，检测和定量。这些方法可以应用到数据库中没有特征在基因组物种，避免了耗时的DNA扩增和测序的步骤。此外，蛋白质组学为基础的方法可以实现自动化，以产生快速，可重复的结果，允许食品的高通量分析。蛋白质组学为基础的研究的汇编应用于食品品种的日期认证中。 3.1发现阶段 发现阶段的目标是要全面地探索一个特定的蛋白质组。使用的参考样本，以确定潜在的物种特异性肽生物标志物。这些诊断肽的鉴定和表征是常采用自下而上的蛋白质组学来研究的。来自小白蛋白（PRVB）和精氨酸激酶（AK）的种特异性肽已被证明是对鱼和贝类进行分别鉴定良好的标记。这些肽的生物标记物的表征是对他们在下一个步骤中作为敏感，诊断指标管道的第一步。 3.2目标驱动的阶段 一旦物种特异性肽被收集时，MS分析仪集中于分析由SRM ，MRM或SMIM MS模式获得的的一个或