华南地区常见的8种食源性致病菌检测基因芯片研制.pdfVIP

.2472 ? 南方医科大学学报 (J South Med Univ) 2010;30(11) 华南地区常见的 8 种食源性致病菌检测基因芯片研制 王洪敏 1.2 ，何冬梅 l ，周辉 2 ，柯碧霞 1 ，邓小玲 1 ，朱海明 1 ，陈经胳 I ，黎徨 1 ，杨杏芬 1 ，柯昌文 1 (1广东省疾病预防 控制中心，广东广州 510300;2 解放军第 458 医院，广东广州 510600) 摘要:目的研制能同时检测华南地以常见 8 种食源性致病菌的 oligo 基因芯片。针对 8 种食源性致病菌基闵组上的特 征性靶区域，设计 70m町的寡核背酸探针。方法分别以检测 8 种食源性致病菌中每一种菌的检测探针组构建一个亚 阵列;然后再将上述的 8 个亚阵列构建为一个大阵列，并命名为 Biosafi∞d-8 芯片。用 Biosafood-8 芯片检测 18 个种属 样品后进行 PPR 的排序与比较。结果 LM 亚阵列检测李斯特菌属的 3 个李斯特菌 LM 、 Lin 和 Liv 的 PPR 分别为 68.8% 、 5 1. 8%和 59.6% ，而其它非李斯特商属样品的 PPR 都在 43% 以下 ;VC 亚阵列检测 VC 样品的 PPR 为 54.1% ，而 其它非 VC 样品的 PPR 都在 17.2% 以下 ;VP 亚阵列检测 VP 样品为 66.7% ，而其它非 VP 样品都在 24.2% 以下 ;Sal 亚 阵列检测 Sal 样品为 55.9% ，而其它非 Sal 样品都在 50 .5%以下 ;Shi 亚阵列检测 Shi 样品为 53.8% ，而其它非 Shi 样品 都在 36.6% 以下 ;SA 亚阵列检测 SA 样品为 65.2% ，而其它非 SA 样品都在 22.7% 以下 ;CJ 亚阵列检测 CJ 和 CC 分别 为 88.2% 和 58.8% ，而其它非弯曲菌样品都在 35.3% 以下 ;EC 亚阵列检测 EC 样品为 47.9% ，而其它非 EC 样品都在 4 1. 6% 以下。结论用 Biosafood-8 芯片检测 18 个不同种属来源的已知参考生物样品，从全阵列和芯片上每一个亚阵列 两个不同的水平，都证实该芯片能够通过集成的 8 个目标菌检测探针亚阵列，在整体芯片阵列水平，清晰而又明确地区 分目标致病菌样品和非目标致病菌样品，特异而义准确地显示被检测样品的目标菌种属。 关键词:食源性致病菌 ;DNA 微阵列;寡核背酸探针 中图分类号 :RI55.5 文献标志码 :A 文章编号: 1673-4254(2010)11-2472-05 Development of a DNA microarray for detecting 8 common species of food-borne bacterial pathogens in south China l WANG Hong-min ,2, HE Dong-meP, ZHOU Hui2, KE Bi-xia, DENG Xiao-ling, ZHU Hai-ming, CHEN Jing-diao, LI WeP, YANG Xing-fen, KE