协同调控.pptVIP

使用基因表达的逻辑分析方法检测多蛋白复合体之间的协同调控BMC Systems Biology 2009;背景;结果;结论;近年来，系统实验研究，比如使用与质谱连用的串联亲和纯化技术，提供了酵母多蛋白复合体的草图，这个草图展示了这个模型组织里蛋白质四级结构的组成。下一个挑战是揭示哪些复合体协同工作完成特定的细胞任务，达到这一目标的一个方法就是检测多蛋白复合体之间同步发生的调控。 ; 协同调控是多种多蛋白质复合体的mRNA转录对于一个给定的扰动产生的同步促进或抑制，当细胞功能需要几种复合体共同表达或当其他复合体因为给定的复合体起作用而功能受到抑制时，这种复合体之间的协同调控就会出现，例如为了实现真核生物中转录过程的良好开端，大量的细胞多蛋白质复合体，比如启动因子复合体eIF2,eIF3和帽结合复合体（eIF4）会参与这个过程，;另一个例子关系到TOR复合体1（纳巴霉素靶点），一种根据营养物质和渗透压调节细胞生长和新陈代谢的激酶，当营养物质充足时，TOR激活与核糖体合成翻译和吸收营养物质有关的复合体，反之，会抑制TOR的活性，从而诱导多种细胞反应，像细胞分裂G1期的早期细胞闭锁，蛋白质合成抑制，营养物质运载体翻转，转录变化和自体吞噬（细胞被产生于同一细胞的酶所消化的过程）这些反应均被多蛋白复合体调节。;基因和基因簇（多蛋白复合体）之间这种复杂精细的关系仅仅用成对关系研究是不够的，更高的序关系分析对于衍生出更精细的关系是必要的，过去用来生成基因网络的方法，像贝叶斯网络，目的在于检测单个基因之间的联合调控表达模块，然而，检测基因簇之间的联合调控仍有待进展，在现有研究中，我们使用基因表达数据的逻辑分析方法来识别由各种类型的逻辑函数相关的基因三元组，接下来，我们把这些结合起来来研究多蛋白复合体之间的协同关系。;逻辑分析是基于基因组数据通过某种逻辑函数把基因/蛋白质联系起来。基因三元组之间所有八种可能的逻辑函数均能在图1和表S1中找到。原始的方法为每个组织或基因表达实验的一个基因赋予一个二进制值（0或1）。这里用一个三态模型来描述一个基因是否受到刺激或抑制或不变，并且为每个基因建立了两个单独的调控状态向量，分别用来描述这个基因是否受到促进或抑制图2，然后这些向量被用来识别那些调控满足逻辑关系的基因三元组。;例如，基因C受到促进/抑制当且仅当基因A被促进/抑制并且基因B也受到促进/抑制。为每个基因三元组引进一个P-value来衡量随机获得这个三元组的可能性supple 9。我们把服从相同逻辑函数的基因聚类，这样我们就能够推测细胞内复合体的协同调控是怎样发生的（图1）。;二阶逻辑分析被应用于酵母微阵列数据，识别出基因的二阶逻辑并且将这些基因映射到不同的多亚基复合体以推断复合体之间的协同调控。讨论与核糖体的合成有关的例子，另外，构建了一个由所有与核糖体有不同二阶逻辑关系的复合体组成的网络，这个网络显示了在刺激条件下所有属于相同功能分类的复合体均向同一个方向调控（促进/抑制）。;结果;以前描述的这八种可能的三元组逻辑关系类型以不同的频率发生（表S1）以下四种（A AND !B,!A AND B）,AXOR B,A OR B,和A ANDB分别占总数的53.5%，30.6%，15.2%和0.7%然而剩余的四类几乎从来不出现。我们认为某些逻辑类型是极少出现的因为我使用的二值微阵列数据相对较少（包含更多的0）结果只有f(0,0)=0的逻辑函数才经常出现，而f(0,0)=1函数却不经常出现，图S1包含遵循逻辑函数AND和XOR的基因三元组的heat map。 ;(1,0) →1,(0,1) →0,(0,0) →0,(1,1) →0 (1,0) →0,(0,1) →1,(0,0) →0,(1,1) →0 (1,0) →0,(0,1) →0,(0,0) →1,(1,1) →1 (1,0) →1,(0,1) →1,(0,0) →0,(1,1) →1 (1,0) →0,(0,1) →0,(0,0) →0,(1,1) →1 ;Calculated Parameters U(C|A)=0.2052 U(C|B)=0.0196 U(C|f(A,B)=0.3248 Pval=3.2361x10-6;将基因三元组映射到多蛋白复合体（图1第二步）;对映射到三个复合体的基因三元组进行聚类（图1第三步）; 为了检查复合体三元组的显著性，我们使用超几何分布来计算随机获得相同数目的基因三元组的概率。 x为映射到这三个复合体上的基因三元组的数目。N是调控服从一个逻辑函数的基因三元组的总数目。k是所有理论上可能的映射到这一三元复合体组上的基因三元组的数目。M是所有可能的映射到任意一个三元复合体组上的基因三元组的数目。 ;通过逻辑函数AND 和XOR关