生物信息学蛋白质序列数据库包其郁精要.pptVIP

六、蛋白质序列数据库 UniPro Swiss-Prot TrEMBL PIR-PSD 1. Swiss-Prot SWISS-PROT由瑞士日内瓦大学医学生化系于1978年创建，后来与欧洲分子生物学实验室合作，由瑞士生物信息学研究所（Swiss Institute of Bioinformatics，SIB）和欧洲生物信息学研究所（EBI）共同维护和管理现已整合进UniProtKB/Swiss-Prot。 SWISS-PROT的特点 b. 每个条目包含条目基本信息、分类信息（描述蛋白质的生物来源） 、引用文献信息、注释、蛋白质序列等(如：ampG)。 c. 蛋白质注释 包括蛋白质的功能、翻译后修饰（如糖基化和磷酸化）、结构域和结合位点、二级结构（如α- 螺旋和β- 片层）、四级结构（如同聚体和异聚体）、与其它蛋白质序列的相似性、蛋白质序列残缺与疾病的关系、序列冲突和变异体等信息。 d. SWISS-PROT中尽可能减少冗余序列 e. 与其它30多个数据库建立了交叉引用，其中包括核酸序列数据库、蛋白质序列数据库和蛋白质结构数据库等。 f. 利用序列检索系统（SRS）可以方便地检索SWISS-PROT和其它EBI的数据库。 2. TrEMBL TrEMBL数据库建于1995年，意为“Translation from EMBL”。