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生物信息学讲义 结构信息部分 龚海鹏 清华大学生命学院 1 | P a g e     一． 蛋白质的结构基础及定量描述 众所周知，蛋白质的结构具有层级式（hierarchical ）的特性，即蛋白质具有一级、二 级、三级和四级结构。按照层级折叠模型（hierarchical folding model ），蛋白质折叠的过 程中，序列（一级结构）上距离较近的氨基酸残基通过局域折叠形成二级结构，这些二级 结构单位先局部形成某些超二级结构或结构花式（motif ），然后再搭建成结构域。一条多 肽链上的多个结构域可以再组装成三级结构。最后多个形成三级结构的亚基拼装成最终的 蛋白质结构，即四级结构。因此，蛋白质的各级结构不仅仅是人为划分出来辅助理解其整 体结构的单位，也与实际折叠过程息息相关。 这里我们将简单复习蛋白质的各级结构，并从生物物理和生物信息学的角度对它们进 行定量描述。这样的定量描述在生物化学的基础课