3.Conformers模块的使用.PDF

创腾科技有限公司 3. Conformers 模块的使用 3.1 使用 Conformers 探究结构-能量之间的关系 目的：介绍了低能量构象搜索和探究构象-性能关系的 Conformers 模块。 模块：Materials Visualizer，Conformers 引言： 随着分子中的原子数增加，一个给定分子的势能面会变得越来越复杂。尽管 现代几何优化方法是足够稳定，能够搜索到低能量的构象，但它们不一定能找到 一个全局能量最小的结构。例如，已知一个链的低能构象，当将这个链连接到一 个环时，需要找到一个相对于环最低能量的链构象。Conformers 是一个工具， 允许系统地、随机地或温度跳跃改变一系列定义的扭矩，同时保持分子其余部分 不变。使用前一个例子，这允许设置一个链是全反的，同时改变连接环的扭矩。 对特定的扭转角构象采用系统搜索，允许建立一个旋转扭角和旋转能垒的关 系图；进一步可以预测性质，如分子的偶极矩。因此，Conformers 提供了一套 工具来系统地研究构象对关键性能的影响。 在这个操作练习中，针对具有不同取代基的液晶分子 5CB，研究改变其结构 中联苯结构的环间扭矩时，能垒的变化。也将使用分析工具来研究偶极矩与构象、 能量之间的关系。 5CB-简单的液晶分子 操作流程：  开始  对 5CB 进行系统的构象分析  在环上进行氟替换，并研究对能垒的影响  分析构象对偶极矩的影响 95 创腾科技有限公司 Note：为了保证能够顺利完成此操作，建议使用 Setting Organizer 对话框，将 project 的设置恢复为Accelrys 默认参数。具体操作说明见 Creating a project 处介绍。 3.1.1 开始 打开 Materials Studio 软件，创建新的 project，命名为 5CB。 接着导入 5CB 液晶分子结构，选择 File|Import，打开 Import Document 对 话框。找到 Examples\Documents\3D Model,导入 5CB.xsd 晶体结构。 3.1.2 对 5CB 进行系统的构象分析 一旦输入分子结构，需要定义想改变的扭矩。可以通过给分子添加扭矩或使 用 Conformers 的Torsions functionality 进行定义。最初，将使用 Torsions functionality。 在 Modules 工具条中点击 Conformers 按钮 ，在下拉菜单中选择 Calculation，打开 Conformers Calculation 对话框。 点击 Torsions 按钮，打开 Conformers Torsions 对话框。 这会显示分子中所有可扭转的扭矩。可以选择包含环中的键，双键，和终端 氢原子的键。 移动打开的对话框，这样方便查看 5CB。点击Find 按钮。 Conformers Torsions 对话框给出了所有可扭转的扭矩。 96 创腾科技有限公司 可以通过勾选 Use 选项，选择想要旋转的扭矩。Absolute 列允许选择扭转 角度的一个绝对或相对值。还可以编辑最小和最大角度、步数，以及是否对角度 进行约束。 点击扭矩左行标题单元格，以便所有的行都选中。 当点击这个对话框，分子中的扭矩将被选中。在这个计算中，需要改变两个 苯环之间的扭矩，当前扭矩值为-42.88. 点击左上的标题单元格，以便选中所有的扭矩。不勾选任何的 Use 选项，然 后只勾选 C-C-C-C （1）的Use 选项。 Note：如果想要研究环的构象，需要使用Ring Closures 工具进行断键。 因为在做一个系统的搜索，构象的数目将取决于定义的 number of steps。 将# Steps 改为 36. 将 Interval 改为 10，这说明每