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多序列比对及 系统发生树的构建 主要目的： 了解分子进化及系统发育分析 掌握多序列比对方法 熟悉系统发育树建立方法 掌握用Mega软件进行构建系统发育树 系统发生（phylogeny）——是指生物形成或进化的历史 系统发生学(phylogenetics)——研究物种之间的进化关系 系统发育树（phylogenetic tree）——描述物种之间进化关系 系统发育树（phylogenetic tree）——又称evolutionary tree进化树)就是描述这一群有机体发生或进化顺序的拓扑结构。它可以用来研究不同物种间的进化关系，这一直是生物学的研究热点。 拓扑（Topology）将讨论范围内的事物之间的相互关系表示出来，将这些事物之间的关系通过图表示出来。 两个临近的分支的连接处称为节点（node）,表示推断祖先的现存类群在树最底部的分支点成为根节（root node）, 一个单一的共同的祖先被定义为进化支（clade）或者单源群（monophyletic group） 树的分支模式被成为拓扑结构（tree topology） 系统发育树建立方法 NCBI——BLAST——输入序列对比——记录好以下几方面： 名 称： Uncultured bacterium clone YU201H10 序列号： FJ694683 /FJ694514 文 献： TITLE Circumpolar synchrony in big river bacterioplankton 序列长度：353 相 似 比： 99% 核酸序列 分类地位 打开软件clustalx CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。 序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。 Clustalx比对结果是构建系统发育树的前提 具体步骤 根据需要，选定要比对的菌株及相应的序列。将序列COPY至记事本 1）File Load sequences 找序列 2）Alignment Do complete alignment Align 自动生成文件于桌面（序列所 在文件夹）. . aln是所需文件 Mega下载地址/ 作业： 1.使用entrez获取登录号为P26374的蛋白序列，然后通过blastp，搜索nr库中最相似的10个序列，记录登录号，用Mega软件进行系统发育树构建（要求用两种以上方法）。 2.获取P03958序列，进行psi-blast搜索，看看结果和blastp搜索有什么不同。 * *
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