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生物信息学概论 生物信息学概论 第五章序列模式识别(1) Bioinformatics, 2014, HUST 生物信息学：预测 生物信息学：预测 生物信息学：预测  1. 生物信息学最核心的问题：预测 2. 生物信息学工具的作用：预测 3. 生物信息学所有的分析：预测 4. 基本假设(贝叶斯的哲学理念)：我们能够通过 对已知世界的观察，总结经验，并以此来预测未 知世界已经存在或者即将发生的事物/事件 5. 在生物信息学中的应用：对现有的数据，使用 合适的算法，进行训练，构建计算模型和计算工 具，预测未知的现象 Bioinformatics, 2014, HUST 序列模式 序列模式 序列模式 1. 功能结构域，functional domain 2. 模块，BLOCK 3. 模体，motif 4. 模式，pattern/profile Bioinformatics, 2014, HUST 功能结构域 功能结构域 功能结构域 1. 具有完整的、独立的三级结构 2. 具有特定的生物学功能 3. 一般长度，几十到几百个氨基酸 4. 允许插入/缺失，即允许存在gap Bioinformatics, 2014, HUST 模块/BLOCK 模块/BLOCK 模块/BLOCK  1. 几个到几十个氨基酸 2. 无gap，从全局多序列比对的结果直接处理得到 3. 描述蛋白质家族或者一类蛋白质的序列保守性 BLOCK Bioinformatics, 2014, HUST 模体/Motif 模体/Motif 模体/Motif  1. 不具有独立的三级结构 2. 具有特定的生物学功能：结合，修饰，细胞亚定 位，维持结构，等 3. 长度一般几个到几十个氨基酸或者碱基； 4. 例如，SUMO化的序列模体：Ψ-K-X-E (Ψ:A, I, L, V, M, F, P; X: 任意氨基酸) Bioinformatics, 2014, HUST 模式/Pattern/Profile 模式/Pattern/Profile 模式/Pattern/Profile 1. 在算法上用来描述一类功能结构域，模体 或者模块的表示方式 2. 根据序列数据，构建的预测模型 3. 数据形式：概率表示 4. 用来预测新的可能符合特定模式的序列 5. 例如，直接将Ψ-K-X-E视为SUMO化位点 的，普适的“模式”，则可以预测所有包含该 模式的蛋白质序列 Bioinformatics, 2014, HUST 本章内容提要 本章内容提要 本章内