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介绍用CASTEP如何计属表面上的吸附能2
CO吸附在Pd(110)面 目的:介绍用CASTEP如何计属表面上的吸附能。 从菜单栏中选择View | Explorers | Properties Explorer,选择FractionalXYZ中X=0.5,Y=0.5 的Pd原子。注意从XYZ属性中所获得的Z的坐标值。 Z的坐标值应为1.396 ?,此既为原子层间的距离。 注意:一个fcc(110)体系,do 可通过下列公式得到: . 在弛豫表面之前,如果仅仅是只需要弛豫表面,我们必需要束缚住内部Pd原子。 按住SHIFT键选中所有的Pd原子,不包括最高层的Pd原子。从菜单栏中选中Modify | Constraints,勾选上Fix fractional position。关闭对话框。 则刚才所选中的原子已经被束缚,我们可以通过改变显示的颜色来看到它们。 在3D模型文档中单击以取消所选中的原子。右键单击选择Display Style,在Atoms标签的Coloring部分,把Color by选项改为Constraint。3D模型文档显示如下: 把Color by选项再改为Element,关闭对话框。这个结构用来做Pd(110)表面的弛豫,它同时也是优化CO 分子在Pd(110)表面的启示模型。 从菜单栏中选择 File | Save As...,把它导引到Pd(110)文件夹中,改文件名为Pd(110),按下Save按钮。对(1x1) CO on Pd(110)文件夹也重复此操作,但是这一次把文档的名字改为(1x1) CO on Pd(110)。 再选择File | Save Project,然后选择Window | Close All。 注意保存计算结果 5.弛豫Pd(110)面 现在我们最优化Pd (110)表面。在Project Explorer的Pd (110)文件夹中打开Pd(110).xsd。从工具栏中选中CASTEP 工具,然后选择Calculation。按下More...按钮,确定Optimize Cell没有被选中。关闭对话框。 为了维持我们想要完成的计算的连贯性,我们应该更改Electronic标签中的一些设置。 选择Electronic tab标签,然后按下More...按钮。从CASTEP Electronic Options对话框中选择Basis标签,勾选上Use custom energy cut-off并且把域植从260.0改为300.0。选择k-points标签,勾选上Custom grid参数。在Mesh parameters域中,把a改到3,b改到4,c改到1。关闭对话框。 我们还应该计算此体系的态密度。 选择CASTEP Calculation对话框中的Properties标签,选中Density of states。勾选上Calculate PDOS,把k-point set改为Medium。 按下Run按钮,关闭对话框。 改为30 计算的运行会耗费一定的时间,结束后出现如下信息, Pd(110)面 优化前 Pd(110)面 优化后 从菜单栏中选择File | Save Project,然后选择Window | Close All。我们现在可以构建下一组表面。 6.添加CO到1x1Pd(110)表面,优化此结构 我们要使用在(1x1) Co on Pd(110)文件中的结构来进行下面的工作。 在Project Explorer中,打开(1x1) Co on Pd(110)文件中的(1x1) CO on Pd(110).xsd。 现在在short bridge position上添加CO分子。我们要利用的依据是:CO 在 Pd(110)上的键长已经通过实验所获得。 CO在Pd(110)的yz平面上 的几何结构 右图中阴影线原子在格子中不显示:Original display mode。 第一步是添加碳原子。Pd-C键的键长(用dPd-C表示)应为1.93 ?。当我们使用Add Atom 工具时,我们即可以使用笛卡儿坐标也可以使用分数坐标,但在本例当中,我们应该使用分数坐标xC, yC, 和zC。xC, yC非常简单,xC =0,yC =0.5。尽管如此,zC比较困难。我们可以通过zPd-C 和zPd-Pd二者之间的距离来构造它。 注意,此处的Pd晶格已优化,而(110)面未优化。 (面心立方) a0 d0 1 1 2 3 4 1 2 3 4 5 6 7 8 a0 5 6 1 2 4 3 6 1 5 1 6 2 (000) zPd-P
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