蛋白质序列试卷.ppt

甲基化、糖基化、磷酸化位点及非经典分泌蛋白分析（CBS网页） 蛋白功能预测（CBS网页） ProtFun * 一、蛋白质理化性质分析 使用工具：Protparam 二、跨膜区分析 使用工具：TMpred 三、二级结构分析 使用工具：PredictProtein 四、结构域分析 使用工具：InterProScan 五、蛋白质三级结构分析 使用工具：SWISS-MODEL/SWISS- PdbViewer 课程总结 * * * * * * * * * * * 信号肽：某些肽链的N-末端存在着15～30个氨基酸的一段顺序，其功能与将此蛋白质多肽链输送到细胞的特定部位(细胞器)有关。 1.信号肽预测：SignalP 结果输出 每一aa给出位于0~1之间C，S，Y三个数值： （1）C-score（信号肽断裂位点得分值）， （2）S-score（信号肽区域得分值） 高得分值区域为信号肽断裂位点前面的区域， （3）Y-score（综合信号肽断裂位点得分值） 可以更为准确地预测出信号肽断裂位点。 信号肽结构特征 带正电荷的n区， 疏水的核心区h区， 不带电荷但呈极性的c区， 注意事项 预测的是分泌型信号肽， 获得一个预测结果后，需要进一步分析预测产生信号肽区域的长度。 真核生物， 平均长度22.6个aa 较长或较短的，可能是假阳性 跨膜蛋白：