粪肠球菌噬菌体vB_EfaP_IME195的生物学特性和其.PDF

微生物学通报 Feb. 20, 2017, 44(2): 305−313 Microbiology China /wswxtbcn tongbao@ DOI: 10.13344/j.microbiol.china.160496 研究报告 粪肠球菌噬菌体 vB_EfaP_IME195 的生物学特性及其 全基因组分析 1,2 1 1 1 1 1 1 1* 邢少贞 张湘莉兰 裴广倩 方云 程实 米志强 安小平 童贻刚 (1. 100071) (2. 050024) 摘 要：【目的】以粪肠球菌为宿主菌，从医院的污水中筛选出相应的粪肠球菌噬菌体 vB_EfaP_IME195 ，简称IME195 ，研究其生物学特性；并通过高通量测序得到其全基因组，深 入研究其基因组学特征。【方法】以临床的耐药粪肠球菌为宿主菌，利用医院污水筛选噬菌体 并纯化；对噬菌体IME195 生物学特性进行了深入研究，包括电镜观察噬菌体形态、最佳感染 复数、一步生长曲线、噬菌体IME195 对紫外线的敏感度、对温度的耐受程度、对pH 的耐受 程度、对氯仿是否敏感；通过蛋白酶K/SDS 法提取噬菌体IME195 全基因组；Ion Torrent 高通 量测序；测序后进行噬菌体全基因组序列组装、注释、进化分析和比较分析。【结果】通过噬 菌体梯度稀释，双层培养基平板法得到噬菌斑边缘分明、斑体透明的裂解性噬菌体 IME195 ， 最佳感染复数为0.01 ，一步生长曲线显示IME195 的潜伏期为30 min ，暴发量为11。该噬菌体 对紫外线比较敏感，对5%浓度的氯仿不敏感，噬菌体对高温比较敏感，该噬菌体在pH 6.0−8.0 范围内具有良好的裂解活性；电镜观察结果显示该噬菌体属于尾病毒目短尾噬菌体科；全基因 组分析表明：噬菌体IME195 基因组大小只有 18 607 bp (GenBank 登录号为KT932700) ，G+C 含量仅为33%。BLASTn 比对结果表明，该噬菌体和GenBank 中的噬菌体vB_Efae230P-4 只有 82%的相似性。对噬菌体 IME195 进行了全基因组功能注释和进化分析。【结论】分离鉴定了 一株粪肠球菌噬菌体，进行了生物学特性、全基因组测序和生物信息学深入分析，为噬菌体治 疗多重耐药细菌奠定了基础。 关键词：粪肠球菌，噬菌体，生物学特性，全基因组测序，基因组分析 Foundation item: China Mega-Project on Infectious Disease Prevention (No. 2013ZX10004-605, 2013ZX10004-217, 2013ZX10004-607, 2011ZX10004-001); National High-Tech Research and Development Program of China (863 Program) (No. 2014AA021402, 2012AA022-003); National Natural Science Foundation of China (No. *Corresponding author: E-mail: tong.yigang@ Received: July 07, 2016; Accepted: November 04, 2016; Published online () : November 09, 2016 基金项目：“”(No. 2013ZX10004-6052013ZX10004-2172013ZX10004-607 2011ZX10004-001) (863 ) (No. 201