从家系群体中挖掘与目的性状相关的功能基因.PDFVIP

从家系群体中挖掘与目的性状相关的功能基因 根据目的性状，利用显著多态性的亲本，构建性状分离群体如F 、回交群体BC 、重组 2 自交系RIL、双单倍体系DH 等。利用这些遗传作图群体，可以构建遗传图谱并进行连锁分 析定位数量性状基因（QTL ）。 （1） 遗传图谱构建—连锁分析 对双亲及子代进行全基因组重测序或简化基因组测序，获得SNP 标记，应用生物信息 学手段分析每个材料 SNP 的亲本来源 （来自父本或者母本），对这些 SNP 位点进行基因分 型，最终将子代群体中每个单株的各染色体的每个片段来源进行解析，得到每个材料高精度 的基因分型图，构建最新一代高密度遗传图谱，结合目标性状表型进行 QTL 定位。 技术路线： 作图群体双亲和子代测序 双亲间高可信度多态SNP检测 作图群体子代基因分型 遗传图谱构建 表型 QTL定位 图1 遗传图谱构建进行QTL 定位 案例解析： The genome of pear (Pyrus bretschneideri Rehd.).Genome Research.2012 Wu J, Wang Z, Shi Z, et al. The genome of the pear (Pyrus bretschneideri Rehd.). Genome research, 2013, 23(2): 396-408. • 样本选取： – 八月红和砀山酥梨杂交得到的F1 ，群体大小为102 个 • 测序策略： – 砀山酥梨进行基因组组装， – 八月红和F1 子代样本RAD 测序，平均每个样品测序量为1Gb. • 分析结果： – 利用八月红和砀山酥梨杂交得到的F1 群体，构建了一张含有2005 个标记的遗传图 谱，共17 个连锁群，将75.5%的序列锚定到了遗传图谱上； （2 ） 物理遗传图谱 （Bin map ）构建—连锁分析 通过对作图群体亲本进行高深度全基因组重测序，子代进行低深度测序，将一定数量的 连续SNP 作为判断染色体重组事件的最小单位（recombination bin ），判断子代每个bin 来源 于父母本的情况，得到每个子代的全基因组物理重组图谱，并构建Bin Map ；可用于后续的 连锁图谱构建和QTL 定位。 技术流程： 作图群体双亲 和子代测序 双亲间高可信 度多态SNP检测 判断作图群体 子代bin来源 Bin Map构建 表型 QTL定位 图2 物理遗传图谱构建技术路线 案例解析： Huang X, Feng Q, Qian Q, et al. High-throughput genotyping by whole-genome resequencing. Genome Research, 2009, 19(6): 1068-1076. • 样本选取