药材及资源刺五加功能基因密码子偏好性的分析.PDFVIP

·598 · 中草药 Chinese Traditional and Herbal Drugs 第 44 卷 第 5 期 2013 年 3 月 • 药材与资源 • 刺五加功能基因密码子偏好性的分析 邢朝斌，吴 鹏，修乐山，周 秘 河北联合大学生命科学学院，河北 唐山 063000 摘 要：目的 分析刺五加功能基因密码子的使用方式及其影响因素。方法 以刺五加的17条功能基因为材料，利用CodonW 和 SPSS 软件进行多元统计分析和对应性分析。结果 刺五加功能基因密码子 3 个位置的 GC 量依次为 51.03%、41.23%和 40.04% ，三者均与整个编码区的 GC 量显著相关（P ＜0.05 ），GC12 与 GC3 的相关系数为 0.262，未达到显著水平。同义密 码子的相对使用频率大于 1 的密码子共27 个，其中 22 个以 A 或 T 碱基结尾。对应性分析的结果表明，第 1 轴显示了 22.78% 的差异，与 GC3、密码子适应指数和密码子偏好指数均极显著相关（P ＜0.01 ），相关系数分别为 0.786、0.686 和 0.617，与 有效密码子数的相关性未达显著水平。第 2 轴显示了 19.28%的差异，且仅与有效密码子数极显著相关（r ＝0.635 ）。确定了 刺五加功能基因的 17 个最优密码子。结论 刺五加的功能基因偏好使用以 A 或 T 碱基结尾的密码子，其使用模式受选择和 突变的共同影响。 关键词：刺五加；密码子用法；功能基因；最优密码子；GC 量；偏好指数 中图分类号：R282.12 文献标志码：A 文章编号：0253 - 2670(2013)05 - 0598 - 06 DOI ：10.7501/j.issn.0253-2670.2013.05.020 Analysis on bias of functional gene codon of Eleutherococcus senticosus XING Zhao-bin, WU Peng, XIU Le-shan, ZHOU Mi College of Life Science, Hebei United University, Tangshan 063000, China Abstract: Objective To analyze the codon usage of functional genes in Eleutherococcus senticosus and their influencing factors. Methods The multivariate statistical analysis and correspondence analysis were carried out using CodonW and SPSS software with codon of 17 genes selected from the functional genes of E. senticosus . Results GC contents at the three positions of functional gene codons in E. senticosus was 51.03%, 41.23%, and 40.04%, all of which had a significant correlation coefficient (P 0.05). The correlation coefficients with GC12 and GC3 were 0.262, and both were insignificant. The relative synonymous codon usage of 27 codons was greater than 1, among which 22 codons ended with A or T base. In the corresponding analysis, the first axis showed the variation of 22.78%, and there were significant correlation coefficients