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1 HTS高通量测序技术（High-throughput sequencing，HTS）2 WGS 全基因组测序3 Chip染色质免疫共沉淀（ChromatinImmunoprecipitation，ChIP）4 CHIRP( Chromatin Isolation by RNA Purification )是一种检测与RNA绑定的DNA和蛋白的高通量测序方法。方法是通过设计生物素或链霉亲和素探针，把目标RNA拉下来以后，与其共同作用的DNA染色体片段就会附在到磁珠上，最后把染色体片段做高通量测序，这样会得到该RNA能够结合到在基因组的哪些区域，但由于蛋白测序技术不够成熟，无法知道与该RNA结合的蛋白。5 RIPRNA Immunoprecipitation是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术，是了解转录后调控网络动态过程的有力工具，能帮助我们发现miRNA的调节靶点。这种技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来，然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行测序分析。6 CLIP-seqCLIP-seq,又称为HITS-CLIP，即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing)7 SNP单核苷酸多态性singlenucleotide polymorphism，SNP 8 SNV单核苷酸位点变异。单核苷酸变异是一种体细胞突变（somatic mutation），称做SNV9 INDEL (基因组小片段插入）基因组上小片段（50bp）的插入或缺失，形同SNP/SNV。10 CNV (copy number variation)基因组拷贝数变异11SV (structure variation)基因组结构变异12 RPKMRPKM,Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads, is defined in thisway [Mortazavi etal., 2008]:每1百万个map上的reads中map到外显子的每1K个碱基上的reads个数。是将map到基因的read数除以map到genome的所有read数(以million为单位)与RNA的长度(以KB为单位)。13 FPKM(fragments per kilobase of exon per million fragments mapped).每1百万个map上j的reads中map到外显子的每1K个碱基上的reads个数。FPKM与RPKM计算方法基本一致。不同点就是FPKM计算的是fragments，而RPKM计算的是reads。Fragment比read的含义更广，因此FPKM包含的意义也更广，可以是pair-end的一个fragment，也可以是一个read。14 SAGE基因表达的系统分析（serial analysis of gene expression,SAGE）15 rDNA：rDNA（ribosome DNA）指的是原核生物基因组中编码核糖体RNA（rRNA）分子对应的DNA序列16 cDNA：complementary DNA，互补脱氧核糖核酸，与RNA链互补的单链DNA，以RNA为模板，在反转录酶的作用下所合成的DNA。17 RISC miRNA与RNA诱导沉默复合体（RNA induced silencing complex, RISC）18SD 区域：Segment duplication，串联重复是由序列相近的一些 DNA 片段串联组成。串联重复在人类基因多样性的灵长类基因中发挥重要作用。19 GO注释：gene ontology是指对基因功能的注解。GO强调基因产物在细胞中的功能。20 RRGS简化基因组测序（Reduced-Representation Genome Sequencing, RRGS）21 RAD（Restriction-site Associated DNA）是与限制性核酸内切酶识别位点相关的DNA。基于酶切的简化基因组测序（RAD-Seq）对酶切获得的RAD tag进行高通量测序，大幅降低基因组的复杂度，操作简便，同时不受参考基因组的限制，可快速鉴定出高密度的SNP位点。RAD-Seq基于SNP位点的分子标记技术，性价比高、稳定性好，可用于群体进化研究、遗传图谱构建、QTL定位和辅助 scaffold组装到染色体等领域。22 GBS（Genotyping-by-Sequencing）是指通过测序进行基因分型，其命名是为了与传统的通过芯片进行基因分型的方法相区别。原理是将基因组DNA进行酶切，然后对酶切片段两端