计算机在分子模拟中的应用.pptVIP

第1章 绪论 一、计算机在化学中的应用概述 二、理论与计算化学发展史 三、理论化学优势与特色 量子化学已经发展到成为广大化学家使用的工具，将化学带入一个新时代，实验和理论能共同协力探讨分子体系的性质，化学不再是纯实验科学了. 三、理论化学优势与特色 * 计算机在分子模拟中的应用 Computer Application in Molecular Modeling By 唐前林 共2学分/32学时，16次课，每周一（第1-17周）7-8节上 计划： 每1次课讲2节（主题） 属于选修课，成绩 = 平时考核成绩（30% ）+ 平时作业成绩（20% ）+ 期末考试成绩（50% ） 教学方式：师生互动（学生参与课堂教学） 教学安排 上课地点：C-407 1）根据这门课的特点，学习时首先要注意掌握分子建模的基本原理和思想，要注意运用计算方法处理实际问题的技巧及会使用所学相关商业软件，要重视误差分析; 2）要通过ppt上的例子，学习使用HF,MP2和B3LYP等分子模拟方法解决化学问题; 3）养成自学习惯，课前、课后一定要看课件；每章的作业一定要做；基于教学现状，组织随堂考试. 几点要求： 《计算机在分子模拟中的应用》这门课的基石是量子力学理论，属于理论化学，主要目的是利用有效的数学近似以及电脑程序计算分子的性质，例如总能量、极矩、振动频率、激发态 、反应活性等，并用以解释一些具体的化学问题. 课程特点与要求 各章内容 第1章 绪论 第2章 分子结构构筑 第3章 GaussView 程序建模包 第4章 基组 第5章 分子模拟方法 第6章 高斯（Gaussian）程序计算包 鉴于理论化学与计算化学的高度抽象性，每章侧重讲解算例！ 参考文献 《量子化学—基本原理和从头计算法》徐光宪院士、黎乐 民院士，第2版，科学出版社，2012 上册: 量子力学基本原理、处理问题的基本方法和数学工具 中册: 重要的量子化学计算方法 下册: 量子化学研究的高级理论方法 参考文献 《量子化学》(美)赖文,第6版，世界图书出版公司,2011 学量化，理论基础很重要，看完这本书，基础基本上没问题了！ 参考文献 《Exploring chemistry with Electronic Structure  Methods》(美)James B. Foresman and Aeleen Frisch,第2 版，Gaussian公司,1996 Gaussian软件入门级别的书。书中全部的examples、exercises可以在其官网下载! 参考文献 《Gaussview软件5使用手册》,Gaussian公司 《高斯软件09用户参考手册》,Gaussian公司 主页/有超链接！ 课件下载 个人主页：/qltang/ 课程课件 计算机在化学中的应用已经有40余年的历史 起初计算机主要用于量子化学（Quantum Chemistry) 计算方 面，也称其为计算化学(Computational Chemistry) 随着计算机技术在化学中应用领域的扩大，计算化学显然已 经不能涵盖其所有内容，人们将其列入一个新学科—“计算 机在化学中的应用”（Computer?Application?in?Chemistry） 或者为“化学中的计算机技术”（Computer?in?Chemistry） （1）以计算机为主要工具的量子化学、结构化学的从头计算、不同力场校正的半经验计算等将人类认识分子微观世界的能力大大提高。计算机的介入为将化学由实验科学向理论化发展做出了重大贡献．目前计算机的量子化学计算仍然是重要的研究领域之一． 计算 化学 计算机技术在化学中应用的主要领域 （1） （2）计算机的实时监测和交互控制大大提高了化学工业的水平，为将经典化学工业发展为现代化学工业奠定了基础．计算机化工控制系统已经成为化学工业结构改造与技术升级的重要内容． 化工 过程 自动 化 计算 化学 计算机技术在化学中应用的主要领域 （1） （2） （3）计算机化的傅立叶变换技术在红外、质谱和核磁共振波谱分析中的应用为人们获取分子的微观结构信息打开了方便之门，大大提高了分析速度和准确性． 化工 过程 自动 化 计算 化学 分析 化学 计算机技术在化学中应用的主要领域 （1） （2） （3） 化工 过程 自动 化 计算 化学 分析 化学 化学 信息 收集 计算机技术在化学中应用的主要领域 （1） （2） （3） （4） （4）基于计算机互联网络技术和智能化数据库技术的化学信息收集与检索体系，以及远程计算机登录技术为化学家与海量化学信息之间建立了高速有效的桥梁和纽带，正在逐步成为化学家获取化学信息的主要手段． 化工 过程 自动 化 计算 化学 分析 化学