基于结构模型的dbp-dna识别及预测研究综述 - 计算机应用与软件.pdfVIP

第２８卷第５期　　　 计算机应用与软件 Ｖｏｌ２８Ｎｏ．５ ２０１１年５月　　 ＣｏｍｐｕｔｅｒＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓａｎｄＳｏｆｔｗａｒｅ Ｍａｙ２０１１ 基于结构模型的ＤＢＰＤＮＡ识别及预测研究综述 陈　凌　王　飞 （复旦大学计算机科学与技术学院　上海２００４３３） （上海市智能信息处理重点实验室　上海２００４３３） 摘　要　　ＤＮＡ结合蛋白ＤＢＰ（ＤＮＡＢｉｎｄｉｎｇＰｒｏｔｅｉｎ）对细胞内遗传物质的生命活动中起着至关重要的作用，包括染色体的复制、剪 切及基因表达调控。ＤＢＰ通过与ＤＮＡ发生结合反应，行使各种不同的生物功能。因此研究ＤＢＰＤＮＡ之间的识别规律，对基因调控 分析、蛋白功能预测和转录因子结合位点预测有着十分重要的意义。随着ＤＢＰＤＮＡ复合物结构数据库的出现，基于结构信息的计 算机分析方法为ＤＢＰ与ＤＮＡ之间的相互作用研究提供了新的发展契机。介绍了若干经典的ＤＢＰＤＮＡ结构模型，简要评述了ＤＢＰ ＤＮＡ结构分析方法目前的研究现状。 关键词　　蛋白质ＤＮＡ识别与结合位点预测　结构模型　生物信息学 ＯＶＥＲＶＩＥＷＯＮＳＴＲＵＣＴＵＲＡＬＭＯＤＥＬＢＡＳＥＤＤＢＰＤＮＡＲＥＣＯＧＮＩＴＩＯＮ ＡＮＤＰＲＥＤＩＣＴＩＯＮＲＥＳＥＡＲＣＨＥＳ ＣｈｅｎＬｉｎｇ　ＷａｎｇＦｅｉ （ＳｃｈｏｏｌｏｆＣｏｍｐｕｔｅｒＳｃｉｅｎｃｅａｎｄＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ＦｕｄａｎＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｓｈａｎｇｈａｉ２００４３３，Ｃｈｉｎａ） （ＳｈａｎｇｈａｉＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＩｎｔｅｌｌｉｇｅｎｔＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎＰｒｏｃｅｓｓｉｎｇ，Ｓｈａｎｇｈａｉ２００４３３，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ　　ＤＮＡＢｉｎｄｉｎｇＰｒｏｔｅｉｎ（ＤＢＰ）ｉｓｏｆｃｒｉｔｉｃａｌｉｍｐｏｒｔａｎｃｅｆｏｒｌｉｆｅａｃｔｉｖｉｔｉｅｓｏｆｉｎｔｅｒｃｅｌｌｕｌａｒｇｅｎｅｔｉｃｍａｔｅｒｉａｌｓ，ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ’ｓｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ，ｓｈｅａｒｉｎｇａｎｄｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ．ＤＢＰｅｘｅｃｕｔｅｓｄｉｆｆｅｒｅｎｔｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｆｕｎｃｔｉｏｎｓｔｈｒｏｕｇｈｇｅｎｅｒａｔｉｎｇｂｉｎｄｉｎｇ ｒｅａｃｔｉｏｎｓｗｉｔｈＤＮＡ．ＴｈｅｒｅｆｏｒｅｔｈｅｒｅｓｅａｒｃｈｅｓｏｎＤＢＰＤＮＡ’ｓｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎｒｕｌｅｈａｖｅｇｒｅａｔｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅｆｏｒｇｅｎｅｒｅｇｕｌａｔｉｏｎａｎａｌｙｓｉｓ，ｐｒｏｔｅｉｎ ｆｕｎｃｔｉｏｎｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎａｎｄｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒｂｉｎｄｉｎｇｓｉｔｅｓｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ．ＡｌｏｎｇｗｉｔｈｔｈｅａｐｐｅａｒａｎｃｅｏｆＤＢＰＤＮＡｃｏｍｐｌｅｘｓｔｒｕｃｔｕｒｅｄａｔａｂａｓｅ， ｃｏｍｐｕｔｅｒａｎａｌｙｓｉｎｇｍｅｔｈｏｄｂａｓｅｄｏｎｓｔｒｕｃｔｕｒａｌｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｈａｓｐｒｏｖｉｄｅｄａｎｅｗｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｐｒｏｓｐｅｃｔｏｎＤＢＰＤＮＡｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｒｅｓｅａｒｃｈｅｓ． ＨｅｒｅｗｅｒｅｖｉｅｗｅｄａｃｏｕｐｌｅｏｆｃｌａｓｓｉｃＤＢＰＤＮＡｓｔｒｕｃｔｕｒａｌｍｏｄｅｌｓａｎｄｂｒｉｅｆｌｙｃｏｍｍｅｎｔｅｄｔｈｅｓｔａｔｕｓｑｕｏｏｆｐｒｅｓｅｎｔＤＢＰＤＮＡ’ｓｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ａｎａｌｙｓｉｓｍｅｔｈｏｄｓ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ　　ＰｒｏｔｅｉｎＤＮＡｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎａｎｄｂｉｎｄｉｎｇｓｉｔｅｓｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ　Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌｍｏｄｅｌ　Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ 件，即要求其预测的ＤＢＰ对象必须存在已知的结合位点序列才 ０　引　言