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重要致病菌流行病学调查、比较基因+组学及遗传进化研究.pdf 158页

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重要致病菌流行病学调查、比较基因 组学及遗传进化研究
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南开大学学位论文原创性声明 本人郑重声明:所呈交的学位论文,是本人在导师指导下进行研究工作所 取得的研究成果。除文中已经注明引用的内容外,本学位论文的研究成果不包 含任何他人创作的、已公开发表或者没有公开发表的作品的内容。对本论文所 涉及的研究工作做出贡献的其他个人和集体,均已在文中以明确方式标明。本 学位论文原创性声明的法律责任由本人承担。 学位论文作者签名: 奎注 2011年6月1日 .非公开学位论文标注说明 根据南开大学有关规定,非公开学位论文须经指导教师同意、作者本人申 请和相关部门批准方能标注。未经批准的均为公开学位论文,公开学位论文本 说明为空白。 论文题目 申请密级 口限制(≤2年) 口秘密(≤10年) 口机密(≤20年) 保密期限 20 年月 日至20 年 月 日 审批表编号 批准日期 20年月日 限制★2年(最长2年,可少于2年) 秘密★lO年(最长5年,可少于5年) 机密★20年(最长10年,可少于10年) 摘要 摘要 本文分别以小肠结肠炎耶尔森氏菌(Yersinia 菌(Staphylococcus 大肠杆菌(Escherichia 为研究对象,采用基因组学、比较基因组学、流行病学和生物信息学等方法进行 遗传及分子进化的研究,共分为三个部分。 I 小肠结肠炎耶尔森氏菌是一种异质性细菌,由于其拥有广泛的动物宿主, 使得它更容易引起人类肠道的疾病。美国的流行病学模式是生物型1B血清型 0:8的菌株即所谓的“新世界’’菌株占据优势;与之相反,中国地区的感染所呈 现的模式与欧洲国家及日本地区相似,即“1日世界’’菌株(生物型2.5)较为 流行。为深入研究小肠结肠炎耶尔森氏菌的进化过程及其对人类宿主的致病机 制,我们对一株从中国地区病人体内分离得到的生物型3的菌株105.5R(r)(O:9) 进行了全基因组测序。与菌株8081(1B/O:8)的比较基因组学分析揭示了小肠 结肠炎耶尔森氏菌进化方面的新发现。两株菌均有大约15%的基因是特异的。 在菌株105.5R∽中,我们在其特异的基因组致病岛中发现了一些可能的毒力因 子,包括一个新的ⅡI型分泌系统和一个类似rtx的基因簇。许多类似祖先基因 的存在对于细菌的肠内生存及致病机理有着重要作用。105.5R(r)中的插入因子的 分布模式与8081不同且都存在于其特异区域。总之,我们的比较基因组学分析 表明这两株菌分别通过不同的进化过程获得致病性,“旧世界"生物群的代表 的分支上。 摘要 II 为研究近期天津地区金黄色葡萄球菌的分子流行病学,我们对228株在2005 年到2007年从7家大型三甲医院分离到的菌株进行了耐药谱型分析,金黄色葡 萄球菌蛋白A分型,多位点序列分型,葡萄球菌染色体mec基因盒分型, Panton.Valentine 1.,eukocin(潘顿.瓦伦丁杀白细胞素)基因检测和荚膜多糖分型。 共有98株临床菌株可以确定是甲氧西林耐药金葡,这些菌株分散在5家医院中。 型。所有spa t796andST7是最常 基因簇。MSSA有40个spa型和25个MLST型,其中spa 见的型。pvt基因在MSSA中的流行程度是MRSA中的三倍。天津地区未发现社 区相关的MRSA。实验数据记录了MRSA和MSSA主要的流行菌株分别为 其他地区的MRSA输入到本地的。我们对多耐药的临床分离株T0131进行了全 一个测序的菌株。与另外两个公布基因组序列的ST239菌株进行比对,发现来 自不同洲的三株茵之间具有多态性。

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