蛋白质热稳定性的分析.pdf

逢 甲 大 學 資訊工程學系 專 題 研 究 報 告 蛋白質的熱穩定性分析 指導老師：游 景 盛 老師 學生： 侯 瑋 翔 (資訊四甲 ) 陳 思 丞 (資訊四甲 ) 中 華 民 國 一百 年 四 月 摘要 大自然中蛋白質種類繁多，也都具有許多不同的特性和組成，本專題為提供 一網頁平台，讓生物領域使用者輸入一已知或未知的蛋白質序列，之後藉由我們 撰寫的 CGI (Common Gateway Interface) 程式進行分析，去取得一些對熱穩定性 相關的數值資料去判斷是否為熱穩定蛋白質。 而蛋白質的二級結構亂度，經由一些研究指出，對蛋白質的熱穩定性有一定 程度的影響，我們先在網頁中包入 Blast ，再與我們所建立已知的低溫、中溫、 高溫和超高溫四類蛋白質的資料庫進行序列比對，將比對到 E-value偏高的序列 取出來，進而將取出序列的名稱去搜尋 Dssp資料庫去取得比對到序列之二級結 構，提供使用者有另一方面判斷是否為熱穩定蛋白的依據。 關鍵詞： 熱穩定性、二級結構亂度 、Blast 、CGI 、Dssp i 目 錄 摘要 …………………………………………………………… i 目錄 …………………………………………………………… ii 圖目錄 …………………………………………………………… iv 表目錄 …………………………………………………………… v 第一章 緒論 ………………………………………………… 1 第二章 開發工具 軟體介紹 …………………………… 4 2.1 ActivePerl ……………………………………… 4 2.2 Apache HTTP Server …………………………… 4 2.3 BLAST簡介 …………………………………… 5 2.3.1 FASTA Format ……………………… 5 2.3.2 Blast演算法概述 ……………………… 6 2.3.3 Blastp …………………………………… 7 2.3.4 formatdb ………………………………… 8 2.4 Clustalw2 ……………………………………… 9 2.5 Dreamweaver cs4 PHP ………………… 9 2.6 DvCharts ……………………………………… 10 第三章 理論基礎 ……………………………………………… 12 3.1 BLAST理論概述