材料模拟计算软件abinit - 上海超级计算中心.pdfVIP

58 《高性能计算发展与应用》 2013年第一期 总第四十二期 材料模拟计算软件ABINIT  王 涛 上海超级计算中心 上海201203 twang@ 摘要： ABINIT是一款免费开源的材料模拟计算软件，可用于计算分子或周期性固体体系的总能 量、电荷密度、电子结构等。本文对ABINIT的发展背景和程序使用的方法进行了初步介绍， 并描述了ABINIT在上海超级计算中心魔方（曙光5000A）超级计算机上的移植安装过程，同时 给出了该软件在魔方上的使用方法。 学院地球科学实验室（ 1. 背景介绍 Terre,）、意大利米兰大学（ CNRS Università Degli ABINIT软件项目起源于1997年。正如这个项目 Studi di）、加拿大戴尔豪斯大学（ Milano Dalhousie 名称一样 （ab ，来自拉丁语，意为从头计算）initio ， University）、加拿大蒙特利尔大学（Université de 这个软件希望采用第一性（First principal）原理来计 Montréal）等。由于开发团队众多，ABINIT的计算 算材料和纳米系统的性质。而所谓的第一性原理计 能力覆盖了非常广泛物理性质和特点。此外，这个 算是指在计算过程中，不需要引入任何人为参数， 软件还具有较好的移植性和用户使用方式。到目前 只需要一些原子的基本数值（比如核电荷数）进行 为止，这个软件包含了主应用程序和大量的后处理 计算就可以得到体系的性质（也就是从头计算）。 工具以及测试算例。 到目前为止，这种第一性原理的计算方程（比如薛 ABINIT程序使用Fortran90编程语言和perl与 定谔方程）仍然比较复杂，很难直接处理，不能够 python脚本语言，可在各种支持Fortran90编译器的 通过计算机软硬件给出确切解。因此，这个软件采 Linux平台上运行，可支持MB级到几百级GB的内存 用了密度泛函理论（DFT，虽然目前对于DFT是否是 使用，采用MPI并行方式，并行加速可达到上千核 纯粹的第一性原理计算方法仍然有争议）和多体扰 规模。程序基于密度泛函理论（DFT），使用赝势 动理论来近似处理，以减少计算的复杂性。目前， 和平面波或小波基组来计算材料和纳米结构性质， 有很多研究组在大力发展DFT方法，这个项目希望能 包括电子结构、键长、键角、原始晶胞大小、聚合 聚合这些研究团队的力量，共同推出一个开源共享 能、介电性质、振动性质、弹性性质、光学性质、 免费的自由软件。 磁学性质、非线性耦合、电子和振动辐射寿命等。 第一个公开发行的ABINIT版本是2000年12月 同时，它还可以根据DFT的力和应力进行构型优化和 发布的。从那时起，开发团队从早期的几个研究人 分子动力学模拟。对于激发态，ABINIT采用了含时 员一直发展到超过50人，注册的用户超过上千人。 密度泛函理论（处理分子体系）和多体扰动理论（ ABINIT的研究团队主要来自欧洲，包括比利时最大 采用GW近似（GWA）和Bethe-Salpeter方程）进行计 算。 的大学：天主教鲁汶大学（Universite Catholique de Louvain