蛋白质结构域预测工具.PDFVIP

博淼生物科技 （北京）有限公司 蛋白质结构域预测工具 Esignal ：/esignal/ 信号传导系统蛋白的结构域预测工具 ，凡是涉及到信号传导系统的蛋白用这个预 测效果最佳 SignalP ：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ 信号肽预测工具 ，适合定位于非胞质位置的蛋白质 Emotif ：/emotif-search/ 结构域预测工具 ，由于其用 motif 电子学习的方法产生结构域模型，故预测效果 比 Prosite 好 Ematrix ：/ematrix/ 是用 Matrix 的方法创建的结构域数据库 ，可与 emotif 互相印证。其速度快 ，可 快速搜索整个基因组 InterPro ：http://www.ebi.ac.uk/InterProScan/ EBI 提供的服务 ，用图形的形式表示出搜索的结构域结果 TRRD ：http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/ 转录因子结构域预测的最好数据库。但不会用 Protscale ：/cgi-bin/protscale.pl 可分析该序列的各种性状如活动度、亲水性 （KyteDoolittle）、抗原性 （HoppWoods）等 通过寻找 MOTIF 和 Domain 来分析蛋白质的功能 A. MOTIF 是蛋白中较小的保守序列片断 ，其概念比 Domain 小 PROSITE ：/tools/scanprosite/ Your own labroratory——您的专属实验室 博淼生物科技 （北京）有限公司 是专门搜索蛋白质 Motif 的数据库 ，其中 signature seqs 是最重要的 motif 信 息 B. Domain ：若干 motif 可形成一个 Domain ，每个 Domain 形成一个球形结 构 ，Domain 与 Domain 之间通常像串珠一样相连 Pfam ：http://www.sanger.ac.uk 可以搜索某段序列中的 Domain ，并以图形化表示出来。这个数据库非常重要。 用法 ：在搜索栏中输入蛋白的 swissprot 的序列号 CDD ：http://www.ebi.ac.uk/interpro/ NCBI 搜索时在每个蛋白质 Link 旁都有 Blink ，Domains 两个链接。Domains 可以直接看到这个蛋白的确定的结构域。如果要在 CDD 数据库寻找 Domain 信息 ，则可进入 Blink 链接 ，再进行 CDD 搜索 ，就可以了 。看 Domain 的详细 信息可以到 ：http://www.ebi.ac.uk/interpro/上进行搜索查看 蛋白跨膜序列分析 kyte-Doolittle 疏水性分析 ：每个等于或高于 1.8 的峰都可能是跨膜结构域 蛋白质结构预测工具 PREDATOR ： http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_p reda.html 蛋白质二级结构预测工具 蛋白质糖基化位点的预测 http://bioresearch.ac.uk/browse/mesh/C0017982L1222670.html 这是个综合连接。包括 ：DictyOGlyc prediction server ， Your own labroratory——您的专属实验室 博淼生物科技 （北京）有限公司 NetOGlyc prediction server ，YinOYang server ， META II PredictProtein server ，O-GLYCBASE ，GlycoMod tool 蛋白质结构数据库 MMDB ：/Structure/MMDB/mmdb.shtml NCBI 的蛋白质结构数据库 ，要使用 Cn3D v4.1 软件观看 PDB ：/pdb/ Protein Data Bank, 要使用 Swiss PDB viewer 软件观看 蛋白质综合数据库 PIR ： U