chip-chip - 生命奥秘.pdfVIP

ChIP-chip 类基因组计划的完成开启了一个新的纪元—— 功能基因组时代来临，与基因信息相比 人较，人们更关注于基因的功能、调控网络与信号通路等信息。表观遗传学研究与核内蛋 白因子的功能分析成为基因表达调控研究的重要组成部分。结合了染色质免疫共沉淀与 [1] 基因芯片技术的ChIP-chip技术的浮现使得全基因组范围内DNA与蛋白相互作用的鉴定成为可能 。 3. 免疫共沉淀染色质， 1. 蛋白质和DNA在甲醛作用下交联在一起 捕捉并纯化DNA复合物 2 . 溶解细胞，并用超声波将 染色体打碎为0.2-2kb的小片段 4 . 释放并扩增DNA 片段 6. 将这些DNA 片段杂交至芯片上 以进一步检测 5. 荧光标记共沉淀的DNA 片段 图1 ChIP-chip技术流程 1. ChIP-chip技术 近年来，此技术不断地发展，它与芯片技术 染 色 体 免 疫 共 沉 淀 （C h r o m a t i n 相结合后，产生了染色质免疫共沉淀- 芯片技术 Immunoprecipitation，ChIP）是基于体内分析发展 （Chro mat in Immuno precipitat io n-chip, ChIP- 起来的方法，也称结合位点分析法，在过去十年已 chip ）。免疫共沉淀结合微阵列技术可以在基因组 经成为表观遗传信息研究的主要方法。它的原理是 范围内筛选蛋白结合靶点，成为深入分析癌症、心 在保持组蛋白和DNA联合的同时，通过运用对应于 血管疾病以及中央神经系统紊乱等疾病的主要代谢 一个特定组蛋白标记的生物抗体，染色质被切成很 通路的一种非常有效的工具。 小的片断，并沉淀下来。这项技术帮助研究者判断 ChIP-chip 的基本原理是在生理状态下把胞内 在细胞核中基因组的某一特定位置会出现何种组蛋 蛋白质和DNA 甲醛作用下交联在一起，用超声波打 白修饰。ChIP不仅可以检测体内反式因子与DNA 的 碎为0 .2-2 kb 的染色体小片段，然后通过目的蛋白 动态作用，还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰 质特异性抗体沉淀此复合物，获得特异地作用于目 与基因表达的关系。 43 回目录 生命奥秘 引领全基因组功能分析时代 的蛋白结合的DNA 片段，通过对目的片段的纯化与 3.ChIP-chip技术应用于表观遗传学 检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。其 在基因组中除了DNA和RNA序列以外，还有 中共沉淀的 DNA 和合适的对照用荧光标记，加在 许多调控基因的信息，它们虽然本身不改变基因的 载玻片上，用于芯片分析。使用外源性DNA 作为背 序列，但是可以通过基因修饰，蛋白质与蛋白质、 景，免疫沉淀DNA 与作为背景的对照进行比较，可 DNA和其它分子的相互作用，而影响和调节遗传的 以找到特异性蛋白在