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大数据时代下生物信息技术在生物医药领域的应用前景胡瑞峰 - 药学学报.pdf 15页

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大数据时代下生物信息技术在生物医药领域的应用前景 胡瑞峰,邢小燕,孙桂波,孙晓波* ( 中国医学科学院、北京协和医学院药用植物研究所, 北京 100193) 摘要:随着信息技术的快速发展,大数据时代冲击着各个行业。在生物医药领域, 基因组测序技术的革新使得低成本、高通量、快速度成为现实,与此相关数据信 息也出现了爆炸性增长,生物医药领域被悄然融 大数据的行列,因此迫切需要 高性能计算以及有效的技术与方法对这些信息进行处理,提取有效数据,为生物 医药发展提供支撑。本文针对目前生物医药数据处理过程中面临的主要问题,初 步探讨生物信息技术在生物医药领域中的应用及广阔前景。 关键字:大数据; 生物医药; 生物信息学; 高性能计算 The prospect of bioinformatics technologies using in the field of biological medicine in the Era of Big Data HU Rui-feng, XING Xiao-yan, SUN Gui-bo, SUN Xiao-bo* Abstract: With the advanced development of information technology, there is a huge impact in various industries for the arrival of big data. In the biomedical field, innovative genome sequencing technology enables low-cost, high-throughput, high-speed to become a reality, which leads to an explosive growth in data and also appeared in an urgent need to process that massive biological information. High performance computing (HPC) along with effective methods is one of the best ways to deal with the problem of big data in biomedical field which could serve the biomedical development best. This paper described three high performance computing methods: the parallel computing, cloud computing and three GPU computing. We discussed the issues faced in biomedical big data processing and concluded that the bioinformatics is an indispensable component of biomedical technologies. Keywords: big data; biomedicine; bioinformatics; high-performance computing; 收稿日期:2014-;修回日期:2014-08- 基金项目:国家重大新药创制科技专项(2012Z 2012Z);国家自然科学基金 ; 国家自然基金青年科学基金项目); * 通讯作者Tel / Fax: 86-10-5783013, E-mail: xbsun@ 1 大数据,被美国政府认为是“未来的新石油”,被视为等同于人力资源和物 质资源的国家重要战略资源。一个国家所具有的数据规模以及处理和使用数据的 能力成为代表着一个国家的部分综合实力,对数据的有效运用有 于国家和社会

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