a1 腺苷受体的同源模建及其结构验证 - ingenta connect.pdf

理化学学报(Wuli Huaxue Xuebao) October A cta Phys. Chim. Sin., 2010, 26(10) ：2833-2839 2833 [Article] A 腺苷受体的同源模建及其结构验证 1 艳蓉 金宏威 刘振明 张亮仁 (北京大学医学部药学院, 天然药 及仿生药 国家重点实验室, 北京 100191) 摘要： 采用同源模建的方法构建了A1 腺苷受体的三维结构, 并与拮抗剂分子DPCPX 对接, 将得到的复合物结 构进行5 ns 的分子动力学模拟, 以最后2 ns 的平均结构和平衡后抽取的11 帧构象共12 个蛋白结构为研究对 象, 用包含52 个活性分子和1000 个诱饵分子的测试库, 分别通过DOCK、VINA 和GOLD 三种对接软件进行评 价, 最终得出合理的蛋白质模型. 根据top10%的富集因子(EF)和ROC 曲线下面积(AU ROC)的计算结果, 我们认 为GOLD 是最适合A1 腺苷受体的对接软件, 而12 个蛋白质结构中F5 和Favg 的三维结构模型比较合理, 可以 作为进一步大规模虚拟筛选的模型. 关键词： 分子动力学模拟; A 腺苷受体; 同源模建; GOLD; 虚拟筛选 1 中图分类号： O641 Homology Modeling and Structure Validation of the Adenosine A Receptor 1 KE Yan Rong JIN Hong Wei LIU Zhen Ming ZHANG Liang Ren (State Key Laboratory of Natural and Biomimetic Drugs, School of Pharmaceutical Sciences, Health Science Center, Peking University, Beij ing 100191, P. R. China) Abstract ： A three dimensional structure model of the adenosine A1 receptor was built using homology modeling. The antagonist DPCPX was docked into the model protein to form a receptor ligand complex. A molecular dynamics simulation over 5 ns was performed for this complex. We selected 12 protein structures, including the average structure obtained from the last 2 ns of the simulation and 11 frames extracte