单核苷酸多态性及乳腺癌新辅助化疗疗效的关联研究.pdf

2 目 录 中 文 摘 要1 ABSTRACT3 缩 略 词 表6 前 言7 立 题 依 据9 实验研究17 1. 材料与试剂17 1.1 外周血17 1.2 主要试剂17 1.3 主要仪器和设备17 2. 实验方法18 2.1 样本的收集与保存18 2.1.1 研究对象18 2.1.2 入组标准18 2.1.3 排除标准19 2.1.4 化疗前评估的指标19 2.1.5 化疗方案及疗效评价19 2.1.6 研究步骤20 2.1.7 毒性反应20 2.2 基因组DNA提取20 2.3DNA浓度的测定和分类21 2.4SNPs的选择21 2.5 基于TaqManOpenArray基因分型系统进行SNPs分型分析21 2.5.1TaqManOpenArray基因分型系统SNPs分型原理21 2.5.2TaqManOpenArray基因分型步骤21 2.5.3SNP分型的质控23 2.6 数据的统计学处理23 3. 结果24 3.1SNP选择结果24 3.2 乳腺癌患者样本基本信息24 3.3 测序验证分析基因分型结果24 3.4 实验结果25 3.4.1 基因多态性分布25 3.4.2 非遗传因素与化疗疗效的关系25 3.4.3 基因型与化疗疗效的关系25 3.4.4 基因多态性与血液毒性的关系27 4. 讨论30 4.1 关于SNP30 4.2MDR1基因、CD44基因与肿瘤的关系30 4.3 基因芯片的应用31 结 语33 1. 结论33 2. 问题与展望33 参 考 文 献35 致 谢39 附 录：在学期间成果40 单核苷酸多态性与乳腺癌新辅助化疗疗效的关联研究 中 文 摘 要 目的 利用甘肃省肿瘤医院乳腺科甘肃省乳腺病诊治中心和甘肃省医学科学院肿瘤 组织和淋巴细胞库资源，用TaqManOpenArray基因分型系统联合检测与乳腺癌新辅 助化疗密切相关的基因及其SNPs。 通过以下方面进行深入研究：1.探讨甘肃汉族妇 女乳腺癌患者新辅助化疗密切相关的基因的基因型分布。2. 通过基因及其SNPs的研 究，筛选新辅助化疗方案疗效和毒性相关的基因型分布。3. 筛选与乳腺癌新辅助化疗 方案疗效及预后相关的遗传标志物。 方法 依据不同的新辅助化疗方案遴选符合入组条件的乳腺癌病例，化疗前采集患者 外周静脉血2m ，利用北京百泰克公司DNA提取试剂盒提取基因组DNA；提取的 DNA，采用ND2000超微量分光光度计检测其浓度，要求所有DNA样本浓度为20~80 ng/μ ，OD值在 1.7~2.0之间；分装于1.5m Eppendorf （EP）管中，-80℃冰箱保存 备用；用美国应用生物系统（AppliedBiosystems，AB）的TaqMan技术，采用TaqMan OpenArray基因分型系统实施SNPs分析；所有患者按照RECIST标准评价疗效；随 机选取5%的DNA样本送金维智公司进行PCR测序分析，以验证TaqmanOpenarray 基因分型结果的可靠性；采用χ 检验比较各基因型化疗效果差异及疗效关系，分析基2 因型分布频率。 结果 1.MDR1rs1045642各基因型频率分别为AA（18.1%），AG（41.8%），GG（40.1%）； MDR1rs1128503各基因型频率分别为AA （38.1%），AG （46.9%），GG （15.0%）； CD44rs187115各基因型频率分别为CC （8.6%），CT （29.8%），TT （61.6%）。 2.1