并行可扩展科学计算工具箱petsc简介与应用-lsec.docVIP

PETSc简介 莫 则 尧 （北京应用物理与计算数学研究所） PETSc的起源与现状 PETSc的成功应用典范 PETSc的体系结构 PETSc的核心组件 PETSc程序示例 PETSc的具体应用与比较 PETSc的优点与缺陷 一、PETSc的起源与现状 全称： 并行可扩展科学计算工具箱 Parallel Extensible Toolkits for Scientific Computing /petsc 2．起源： 美国能源部ODE2000支持的20多个ACTS（Advanved Computing Test Simulation program, 美国能源部超级计算中心/）工具箱之一，其中包括： 能提供算法的工具： Aztec ：分布式存储并行机求解大规模稀疏线性代数系统库； Hypre ：线性系统求解预条件库； Opt++ ：串行非线性优化问题数值库； PETSc ：并行可扩展科学计算工具箱，提供大量面向对象的并行代数数据结构、解法器和相关辅助部件，适合并行可扩展求解PDE方程（有限差分、有限元、有限体离散的隐式和显示格式）； PVODE ：并行常微分方程求解库； ScaLAPACK ： SuperLU ：代数系统直接求解库； 算法开发辅助工具： Global Arrays ：以共享存储并行程序设计风格简化分布存储并行机上程序设计； Overture ：网格生成辅助工具； POET ：并行面向对象环境与工具箱； POOMA ：并行面向对象方法与应用，提供大量适合有限差分和粒子类模拟方法的数据并行程序设计（HPF）的C++类； 运行调试与支持工具：CUMULVS，Globus，PAWS，SILOON，TAU，Tulip； 软件开发工具： ATLAS PHiPAC ：针对当代计算机体系结构的高性能特征，自动产生优化的数值软件，可与手工调试的BLAS库相比较（？）； Nexus , PADRE, PETE； 3．现状 时间 ：1995年—现在； 目前版本：PETSc-2.0.28 + patch，源代码公开（不包含用户自己加入的核心计算子程序）； 核心人员：数学与计算机部，Argonne国家重点实验室，Satish Balay, William Gropp, Lois C.McInnes, Barry Smith； 参研人员：相关访问学者（几十人次，不同组件实现）； 可移植性：CRAY T3D，T3E，Origin 2000, IBM SP, HP UX, ASCI Red, Blue Mountain, NOWs，LINUX，ALPHA等； 目前，已下载上百套； 二、PETSc的成功应用典范 1．PETSc-FUN3D： 参考：W.K.Anderson etc., Achieving high sustained performance in an unstructured mesh CFD applications, SC’99. () FUN3D：四面体三维无结构网格离散、求解可压或不可压Euler和Navire-Stokes方程、串行程序、百万量级的非结构网格点， NASA Langley 研究中心W.K.Anderson开发，适合飞行器、汽车和水下工具的设计优化； 核心算法：非线性方程拟时间步逼近定常解、隐格式离散、Newton线性化、Krylov子空间迭代算法、加性Schwarz预条件（每个子区域近似精确求解），具有很好的数值可扩展性（即非线性迭代次数不随处理机个数的增加而显著增加）； 移植周期：五个月（初步1996.10—1997.3），包括熟悉FUN3D与网格预处理器、学习ParMetis无结构网格剖分工具并集成到PETSc中、加入和测试PETSc的新功能、优化FUN3D面向向量机的代码段到面向cache的代码段、PETSc移植（非常少的时间，小于20天），并行I/O与后处理阶段还没完成； 并行性能： 代码行从14400减少为3300行（77%），包含I/O； 优化后，串行程序发挥各微处理器峰值性能的78%-26%；（附页1） ONERA M6 Wing, 2.8百万个网格单元（11百万个未知量），512—3072个 ASCI Red 节点（双Pentium Pro 333MHz，每节点一个进程），保持95%以上的并行效率，发挥峰值性能的22.48%；（附页2） 其他并行机：CRAY T3E、Origin 2000、IBM SP； 奖励：SC’99 Gordon Bell最佳应用奖； 2．石油：21世纪新一代油藏数值模拟框架； （USA Texas 大学油藏数值模拟中心） 3．空气动力学数值模拟中多模型多区域耦合流场问题：（USA自然科学交叉学科重