大西洋鲭鱼微生物菌群的特征.docVIP

大西洋鲭鱼微生物菌群的特征 摘要 在这项研究中，对商业围网手机的大西洋鲭鱼（鲐scombrus ）微生物进行了检查。样品直接在运输罐装车后，从冷冻海水的鱼围网中采集。培养的微生物和特定腐败菌（ SSB ）用对铁琼脂灵比（ IAL ） 进行量化，纯培养时使用市售生化API ?套件进行菌株鉴定。这些套件在鉴定菌株特征方面是次优的，因为只对一半的菌株进行了鉴定。用核酸为基础PCR - DGGE方法也进行了同样的分离，但有API结果相同的有一半。通过PCR – DGGE进行特性鉴定的都是IAL板（散装细胞样品）上的细DNA，还有就是从养鱼材料上的没有经过培养的细菌DNA。大西洋鲭鱼的微生物主属为革兰氏阴性嗜冷菌，变形杆菌，发光菌。弧菌，希瓦氏菌，聚球藻，藻和黄杆菌。革兰氏阳性菌属，芽孢杆菌，分枝杆菌。金黄色葡萄球菌属，支原体属。梭状芽胞杆菌属也被发现了。考试采用PCR- DGGE技术对散装IAL培养后的细胞进行测序，与从鱼原料上直接取下的不经预先培养的细菌相比，他提取了更多的类群。在研究海洋微生物鱼时，显示出了培养依赖和培养独立相结合的优势。虽然围网采集时仅在肠道中发现了几个弧菌，但在RSW罐中包括皮肤和腮的所有样品中都有该菌，说明在这些运输下，通过粪便排泄产生了微生物污染。 1。介绍 由于鱼类资源的可持续收获有一个上限，食品生产的增长应依靠基于更好的知识型的生产链维护来保证鱼类质量。全球捕获后鱼的损失量估计至少要占捕捞鱼和养殖鱼的10%，其中微生物是导致与质量下降的重要因素。 研究微生物栖息环境时，培养依赖方法显示出了局限性，因为相当大比例的生物都无法在提供的介质上生长。（ Vartoukian等， 2010 ; Broekaert等，2011年） 。PCR – DGGE是的独立培养法，是世界公认的细菌动力学和生态学研究方法。众多微生物的栖息地已经研究过了，例如土（ Edenborn Sexstone ，2007年） ，湖（ ?vre?s等，1997;吴等，2009） ，海水和油气藏（卡斯特等人，2009） 。几种食物也被研究过了，如蓝纹奶酪（弗洛雷斯和梅奥，2006年）和发酵香肠（ Cocolin等，2001）伴随保存过程发生变化，以及的鱼（霍夫达等人，2007年b ，c）和肉类（日俄等， 2006） 主要是???败生物。 之前的研究中，利用包括培养和DNA分析在内的细菌联合培养法对来自世界各地不同的物种进行了研究，但这些研究都没有涉及到大西洋鲭鱼卡希尔（1990）和奥斯汀（2006）通过从诸多研究中收集结果，均出版了鱼类微生物学综述。这些研究大多是淡水或海水中的野生或养殖的鱼类，如罗非鱼，鲑鱼和比目鱼。 根据这些作者所说，海鱼中的微生物群主要是以革兰氏阴性杆菌为主，如发光菌，弧菌，假单胞菌，不动杆菌，肉杆菌；还包括一些革兰氏阳性菌，如乳酸杆菌，芽孢杆菌和葡萄球菌。几位作者对鱼类加工产品以及保存方法对一般微生物群落（鲁迪等人， 2004;霍夫达等， 2007A ， B，c）或特定腐败菌（ SSB ）的影响，其中腐败菌包括腐败希瓦氏菌及（发光菌，革兰氏和胡斯， 1996克和达尔加德， 2002; Broekaert的等， 2011）。 Wilson等人 （ 2008）对渔船上收集的野生大西洋鳕鱼表皮黏膜菌群进行了研究，并描述了细菌γ -变形和噬纤维菌和杆菌物种为主的菌团。虽然一些出版物，如上面提到的都研究了鱼的微生物菌群，但是很少有刊载涉及到大西洋深海鱼。 这项研究的目的是在发现细菌16S rRNA基因与鱼的联系的基础上，利用独立培养与联合培养相结合的分子生物学方法，来描述大西洋鲭鱼（鲐scombrus ）菌群。为了检测鱼在捕捉和渔船上的储存条件对微生物群的可能影响，分别从撤回的渔网和水槽中采集腮、皮肤和肠道内容物等样品。为了增加调查结果的针对性，所有样品均在商业捕捞时采集。 2．材料与方法 2.1 样品采集 大西洋鲭鱼（ S. scombrus ）是在2009年10月，挪威海（61 ° 15N / 02 ° 03 ）的正宗商业条件下从围网中采集的。鲭鱼被拿出围网后便被转移到渔船上的槽中，槽中有高速抽水装置供应的温度为-1.5 °C的冷冻海水。四大家鱼直接从围网中收集，然后再放入泵水的水槽中，然后在捕获12小时后再从水槽中拿出。所有鱼都要用带绳子的无菌斗捕捉，而且进一步的处理也要在无菌环境下进行。从每条鱼中收集1.0 g包括鳃，皮肤和肠道内容物的样品两套。用无菌剪刀将腮丝从腮弓上剪下来，再用无菌手术刀和镊子取下10平方厘米的皮肤。用无菌镊子，将肠道内的物质从前场开始挤至后肠外，以收集肠道内容物。 2.2 传统培养和表型特征 为进行定量分析，在样品收回后，将