植物胞外多肽与人细胞因子的结构特征比较-河北师范大学学报.PDFVIP

第3 1卷/第4 期/ 河北师范大学学报/自然科学版/ Vol.31 No.4 2007 年7 月 JOURNALOFHEBEI NORMAL UNIVERSITY/Natural Science Edition/ Jul.2007 植物胞外多肽与人细胞因子的结构特征比较 1, 2 1 柳　辉 , 　郭　毅 (1.河北师范大学生命科学学 , 河北 石家庄　050016;2.河北工业大学理学 , 天津　300130) 摘 要:植物细胞外多肽信使已经被证实是植物信号转导中重要的第一信使, 运用生物信息学的方法, 分析比 较了已知的植物胞外多肽和人的细胞因子的氨基酸序列, 发现这些来自不同界别的胞外多肽具有某些共同的结构 特征, 利用在线工具对胞外多肽的结构特征进行了验证, 并根据细胞外多肽的结构特征推测了钙调素受体的三维 结构, 这些结果对发现新的植物胞外多肽及推测其可能的受体有重要意义. 关键词:胞外多肽;细胞因子;结构;生物信息学 中图分类号:Q 291　　　文献标识码:A　　　文章编号:1000-5854(2007)04-0527-04 细胞外多肽信使在动物机体内发挥重要作用, 其中包括各类细胞因子和细胞生长因子, 这些多肽作为胞 外第一信使被广泛利用, 在细胞发育、分化、凋亡、机体免疫及信号传递方面起着重要作用, 尤其是与人类的 某些重大疾病, 如癌症的治疗有密切的关系.在植物界中, 由于植物普遍存在细胞壁, 人们长期认为细胞外多 肽分子在植物细胞中不可能起到第一信使的重要调控作用.随着Pearce 等(1991年)从植物细胞中分离到周 身素(Systemin)之后, 人们逐渐认识到, 多肽类物质在植物细胞中可能同在动物细胞中那样也起到第一信使 的作用, 并逐渐发现了越来越多的植物细胞外多肽信号分子.例如:调控茎顶端分生组织细胞分裂分化过程 的CLV3 及其受体CLV1;调控显花植物自交不亲合性的SCR及其受体SRK;结瘤因子EN D40 和植物磺 化激动素PSK 等多种植物胞外多肽[1～3] .另外, 早在1984 年Biro 和孙大业教授用放射免疫测定法首次在燕 麦胚芽鞘细胞壁水溶性提取物中检出钙调素(Calmodulin, CaM), 笔者所在实验室及其他实验室的研究表明 细胞外钙调素具有调控多种生理反应的功能, 可能是新的植物胞外多肽[4 ～6] .随着植物基因组学的进展, 在 [ 7] 拟南芥基因组中推测存在600 多个受体激酶, 其胞外配基可能为多肽分子 .特别是最近, Lease 等通过生物 信息学从拟南芥基因组中找到了33 809个可能编码胞外多肽的开放阅读框(RF), 并初步证明大部分 RF [8] 可以进行转录 .因此, 通过对植物多肽一级和高级结构特征的研究, 特别是和动物多肽信号分子的特征比 较有助于鉴定新的胞外多肽和推测其可能的功能及作用方式.笔者报道了来自不同界生物, 如植物、微生物 [9] 和人的细胞外多肽信使之间存在共同的氨基酸偏好特征 .本文中, 笔者运用生物信息学的方法分析比较 了已知的植物胞外多肽和人的细胞因子的结构, 发现这些来自不同界的胞外多肽具有某些共同的结构特征, 利用在线工具对植物胞外多肽钙调素受体的结构进行了推测, 以上结果对于鉴定新的植物胞外多肽及推测 其可能的受体有重要意义. 1　研究方法 1.1　材料来源 全部氨基酸序列来自于Swiss-prot 数据库, 包括:1)植物胞外多肽.CLV3 (CLV3 ARATH), Systemin — (SYST LYCES ), PSK (PSK1 ARATH, PSK2 AR-ATH, PSK3 ARAT-H, PSK4 ARATH, PSK5 —