基于转录组学的创伤性颅脑损伤基因表达变化.pdfVIP

·72· ．基础论著 基于转录组学的创伤性颅脑损伤基因 表达变化 廖吉连程世翔 衣泰龙孙洪涛徐忠伟 涂悦张赛 【摘要】 目的 探讨创伤性颅脑损伤后基因表达变化及颅脑损伤后的神经保护机制。 方法应用细胞损伤仪(cIcⅡ)建立细胞牵张损伤模型，各项参数分别设定为：脉冲时间为50ms、 计量阀门压力为O．165MPa，使气体脉冲压为(0．02l±0．001)MPa。采用Trizol法提取损伤组和对照 组的细胞RNA，进行mRNA测序，并对差异表达基因进行基因本体分析和生物信息分析软件(IPA)进 行信号通路分析，并通过实时荧光定量PcR(qPcR)对定量结果进行验证。结果在2个样本中，分 43l万个和l 018个基因在2个样本中均有表达。差异表达基因有 别得到1 55l万个读段，鉴定出15 1 424个，相较于对照组，损伤组上调1198个基因，下凋226个基因(PO．01)。与对照组相比，损伤 组缺氧诱导因子l仅抗体(HIF一101)及zFP36表达均下调，并发现了TBI后13个差异表达基因，构成 了以HIF一1d和zFP36为中心的调控网络。在该网络中，HIF一1d受EGLN2和zFP36的调控，并与 PERl相互作用，同时调控多个下游基因的表达，如H2AFx、ABCF2和sLc39A7。结论颅脑损伤 12 h，HIF一10l在mRNA水平分别受到zFP36、HNRNPD和EGLN2的调控而下调，并进一步调节 H2AFx的表达，进而阻止神经细胞凋亡，促进了神经细胞的损伤修复。 0【 【关键词】 颅脑损伤；转录组；基因表达；RNA测序；缺氧诱导因子一1 基金项目：国家自然科学基金；武警部队后勤科研项目(wJHQ2012—20)；武警后勤学 院科研创新团队科学基金(wHTD201306) tra哪6c aI粕g咚0fg咖e唧r嘲i伽of bmin峋urybased叩traI椒rip删cs厶∞五如n+， C％昭虢玩iong，K死ifo愕，．s∽胁n∥∞，施砒，刚℃i，几‰，劢o，29＆i．4研。讥觑印如Ⅱz，￡k4萨zim以 Am记d 0厂研n流7k啪n 胁删脚。厂幻稿￡洒‰泌rs谢D厂Peop如3PoZ洫乃rce，h疵眦e n蒯肫ur0Z啦甜 D略e∞西，Pe叫ejA丌n耐POZ妇而n㈣，盛y如60删owo厂胞Mr0￡mu撇如忍胆扫，‰蛳n3∞，62，醌i肥 cows加ndi增。以^or：夙口增疏i，Em矧：如口n舻n；刀8@籼J26．cDm To the of trau眦ticbrain objective chaIlgesgene injury(TBI) 【Abstr扯t】 investigate expression出er andthe rnechaIlism撕erTBI．】ⅥethodsAcellstretch modelwasinduced a neu工oprotective iniury byusing cell Each wassetas tinle50msand vaIve injurycontmⅡerⅡ(CICⅡ)．parameter pIllse rrlet耐ng pressure MPa．r111eRNAswereex№cted Thzol 0．165MPa．negaspulsepressurewas0．02l±0．001 cell bvusing intlle aJldthecontml thenthemRNA was