Noldus动作分析系统介绍.docVIP

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Noldus动作分析系统介绍

Noldus动作分析系统介绍 Noldus有两个动作分析系统,分别是Ethovision系统和Observer系统。本文主要介绍Ethovision系统。 EthoVision是一个集运动和行为的自动监测、记录和分析于一体的综合系统。它有三种标准配置:EthoVision Basic——只能跟踪一个arena中的一个物体;EthoVision Pro——除了EthoVision Basic的功能以外,可以追踪16个arena,每个arena允许有2个物体;EthoVision Color-Pro——除了EthoVision Pro的功能以外,每个arena可以追踪16个物体,或者追踪多个arenas中的多个物体的一个组合。理论上讲,这个系统可以定义16个arena,每个arena中有16个物体。但实际上和你的实验设置、计算机以及颜色捕捉器有很大的关系。一下我们将重点介绍EthoVision系统的原理和工作流程。 一、EthoVision系统原理 EthoVision系统的原理主要集中于两点。 第一、确定物体的位置 EthoVision系统确定物体位置有三种操作: 1、Gray scaling: 将物体的灰度跟背景相比,确定一个亮度范围(两个极值之间),在这个亮度范围之间的就是被观察的物体 2、Subtraction: 在实验之前,先要采集arena的一个参考画面。在实验中,每一帧画面减去参考画面。得到的就是被观察的物体(当然也有可能是干扰)。如果在一种单色条件下观察两个物体,可以通过物体的大小将他们区分开来。 3、Color tracking: 首先定义物体的颜色,由这些颜色的象素组成的东西被假设为观察的物体。这个只能在Color-Pro version中应用 第二、 从基础的位置数据中提取信息 EthoVision完成位置信息的收集后开始计算因变量(参数),这称为特征提取。EthoVision可以计算每个参数的平均值、范围、方差标准差等也可以把多次实验或多个物体的实验(或者其他自变量分类,比如性别等)放到一起进行分析。 物体的位置也可以通过定义zone而给予含义,比如定义出发点,目标点。这样你可以获得跟这些你感兴趣的地点有关的数据,比如说在这个区域所持续的时间,到达这个区域I的时间、速度、和路径曲线。 二、EthoVision工作流程 (一)设计实验 1、 工作区和实验 EthoVision借助工作区提供方便的途径去组织数据。可以使用工作区来保存一组相关实验。一个实验是指共享独立变量的一组试验的数据和设置。一个实验的主要特征是每单位试验区域中动物的固定数量。 2、 独立变量和手动评分的行为 2.1 定义独立变量 (1)选择系统变量——从“Variables”菜单,选择“Show system variables”一项。EthoVision将会显示出可用的系统变量列表,您可以选择需要查看的变量的选择框。 (2)定义自己的变量——从“Variables”菜单,选择“Add user-defined variable”一项。EthoVision 会在电子数据表中加一空白横行,可以添加自己定义的变量。 (3)变量属性——右键单击变量行可以列出或者设定预定义值的一个范围;或者决定在试验过程中什么时候对变量的值进行编辑。 2.2 定义独立变量的值 定义了实验用的独立变量后,可以设定这些独立变量的值,这样可以使我们预先准备所有试验。 2.3 定义手动评分的行为 EthoVision自动探测某些行为,比如用后腿站起和移动。如果我们也想记录一些不能够被自动探测的行为(如:用力吸气或侵略性姿势),可以在动物做这种行为时按键记录。在Definition module里,可以定义哪一个键对应哪一个行为。 3、试验区域定义及校准 3.1试验区域定义 一个试验区域指EthoVision记录您的动物的位置所在区域。我们可以把一个试验区域进一步细分成几个区域(zones),并且按动物所处的区域对动物的运动进行分析。试验区域定义(Arean definition)是一个或多个试验区域和一个或多个区域定义的结合(每个区域定义包含一个或多个区域),这些设置都会保存为一个试验区域描述文件(Arena profile)。 3.2 校准 EthoVision 以像素来测量两点之间的距离(像素,影像视图最小的图片构成单位)。要将像素转换成真正测量值(米,英寸)我们必须要校准EthoVision。可以在以下两种方法中选择其中的一种: (1) 标准校准:假设试验区域内的所有距离与其反应在屏幕上的相等距离存在线性关系。 (2) 如果使用广角镜头或者镜头轴线不垂直于试验区域,图像将会扭曲,我们可以使用高级校准(advanced calibration)进行弥补。 (二)数据采

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