利用实用生物信息学分析兔瘟基因组序列-abc.pdfVIP

兔瘟病毒（RHDV ）的基因组序列分析及 衣壳蛋白VP60的结构和功能预测 报告人：缪秋红 小组成员：缪秋红 伍妙梨 梁瑞英 郭艳红 2012年6月10日 汇报内容 RHDV相关介绍 衣壳蛋白VP60 的结构预测 衣壳蛋白VP60 的功能预测 讨论 一、RHDV的介绍 兔出血症( Rabbit hemor rhagic disease , RHD)俗 称 “兔瘟”、兔出血热。1984 年2 月,该病首次 在我国江苏省无锡、江阴一带地区暴发,并在一年 内迅速传播蔓延至全国25 个省、市、 自治区。随 后,在亚洲、欧洲、北美洲、非洲和大洋州等地区 的许多国家相继有该病流行的报道,后经确定本病是 由兔出血症病毒(Rabbit hemor rhagic disease virus , RHDV) 引起的兔的一种急性、败血性烈性传 染病,以呼吸系统出血、肝坏死及实质脏器水肿、 淤血及出血性变化为主要特征。因该病常呈暴发性 流行,发病率及死亡率极高,给养兔业带来了巨大的 经济损失 RHDV:兔出血症病毒 兔病毒属 EBHSV：欧洲褐色兔综合 征病毒 诺瓦克病毒属 杯状 病毒 扎幌样病毒属 科 水疱疹病毒属 RHDV:兔出血症病毒 本课程试验利用实验室提交的基因组序列进行： Locus：DQ205345 7464bp mRNA linear VRL 05- OCT-2005 Definition：Rabbit hemorrhagic disease virus strain JX/CHA/97 polyprotein (RHDV), major capsid protein VP60 (VP60), and structural protein VP12 (VP12) mRNAs, complete cds. 利用plotorf进行基因组读码框分析：读码框呈现连续状态 根据相关文献资料得知：RHDV存在两个读码框， ORF1和ORF2,它们在7025-7378存在重叠区域 有关VP60 病毒基因组ORF1编码一个257kDa的蛋白的 多聚蛋白前体，该多聚蛋白在蛋白酶水解过 程中可以产生七种非结构蛋白和一种重要的 结构蛋白（VP60 ），有研究表明，VP60可 以自我装配成病毒的衣壳，包裹核酸后即形 成具有感染性的病毒粒子，但是，VP60其在 RHDV致病机制中的作用以及它的病毒侵染力 尚不清楚。为此，我们对其进行分析，并且 将病毒衣壳蛋白编码区的部分基因删除，观 察其功能变化。 二、 VP60的结构预测 提取uniprot中的审核过的RHDV的序列的VP60 区段进行比对， 分析其序列差异性，构建进化树。 序列： P27410：(strain Rabbit/Germany/FRG/1989) (Ra/LV/RHDV/GH/1989/GE) (RHDV-FRG) Q86119 ：(strain AST89) (Ra/LV/RHDV/AST89/1989/SP) (RHDV-AST89) P27411 ：(strain V-351) (Ra/LV/RHDV/V351/1991/CK) (RHDV-V351) Q89273 ：(strain BS89) (Ra/LV/RHDV/BS89/1989/IT) (RHDV-BS89) Q