基于高通量测序分析盐角草根部内生细菌多样性及动态规律-微生物学报.PDF

微生物学报 Acta Microbiologica Sinica 2016, 56(6): 1000-1008 /actamicrocn DOI: 10.13343/ki.wsxb Research Paper 研究报告 基于高通量测序分析盐角草根部内生细菌多样性及动态规律 * 赵帅，周娜，赵振勇，张科，田长彦 中国科学院新疆生态与地理研究所，荒漠与绿洲生态国家重点实验室，新疆 乌鲁木齐 830011 摘要： 【目的】探讨盐角草根部内生细菌群落多样性特征，揭示内生细菌群落结构在宿主关键发育期动 态变化规律。【方法】通过罗氏454高通量测序获得内生细菌16S rRNA片段，然后进行生物信息分析。 【结果】共获得20363条16S rRNA基因序列。各样品中可操作分类单元 (operational taxonomic units, OTUs)在552–941之间。根部内生细菌群落主要包括4个门，其中Proteobacteri 门占主导地位，其余依次是 Firmicutes ，Actinobacteria ，Bacteroidetes 。在Proteobacteria 门中，Gammaproteobacteria是第一大纲，其后 是Betaproteobacteria纲。宿主5个发育时期共同拥有7个细菌属，包括Azomonas ，Serratia ，Pantoea ， Serpens ，Pseudomonas ，Halomonas ，Kushneria 。整体上看，Gammaproteobacteria纲在宿主5个发育时期 呈现增长趋势。优势菌属在5个发育期存在差异，分别为Delftia ，Kushneria ，Serratia ，Pantoea ， Erwinia 。所有文库总共含2108个特异OTUs, 共同拥有5个相同OTUs 。花期OTUs数量最多，结种期内生 细菌多样性降低。在宿主的5个发育时期中，土壤pH 、月均温和土壤盐含量这3个环境因子组成的集合对 其内生细菌群落变化具有显著影响。【结论】盐角草内生细菌群落多样性丰富，宿主发育期决定了内生 细菌群落结构。 关键词：盐生植物, 内生细菌, 多样性, 焦磷酸测序 植物内生细菌生活于植物组织中，常定殖在 内生细菌的研究主要集中于“甜土植物” 或农作 [1] 宿主细胞间隙和木质部导管 。内生细菌通过与 物，现已发现多种植物包括单子叶和双子叶植 植物相互作用，可对宿主发育产生众多益处，例 物，从木本到草本植物，体内均存在多样的内生 [2] [3] 如促进植物生长或生物防治植物病害 。因此， 细菌 。然而，人们对生长在极端条件下的植物 了解内生细菌多样性有助于阐明它们的功能和潜 内生细菌群落多样性却知之甚少。 在作用，进而优化植物生长状态。近年来，植物 盐角草(Salicornia europaea L.) ，隶属于藜科 基金项目：国家自然科学基金 ；中国科学院重点部署项目课题(KSZD-EW-Z-022-03) ；荒漠与绿洲生态国家重点实验 室开放基金 (Y371162) *通信作者。Tel ：+86-991-7885301 ；Fax ：+86-991-7885320 ；E-mail ：tianchangyan@ 收稿日期：2015-09-15 ；修回日期：2015-