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广东农业科学 2013年第 23期 133
1型鸭疫里默氏杆菌铁依赖抑制子RaDtxR全长
基因的扩增及生物信息学分析
向 蓉,岳 磊,李林林,孙敏华,董嘉文,胡奇林 ,袁建丰
(广东省农科院动物卫生研究所 /广东省兽医公共卫生公共实验室 ,广东 广州 510640)
摘 要 :为了扩增 1型鸭疫里默 氏杆菌铁依赖抑制子基因(RaDtxR)全长序列 ,对 SiteFing—PCR技术做了改 良。
改良后的SiteFinding—PCR技术更加简单 、方便且省时。SiteFinding—PCR结果显示,获得的 目的片段大小为 937bp,
向前延伸了710bp。尺 全长基 因序列为654个核苷酸,编码 217个氨基酸。生物信息学表明,RaDtxR包含完整
的铁离子依赖抑制子超家族保守结构域 ,在进化分类上更接近于白喉棒状杆菌毒素抑制子 DtxR。同源建模表明,
RaDtxR氨基酸序列含有典型的FUR/DtxR抑制子的HTH结构。
关键词 :1型鸭疫里默氏杆菌 ;铁依赖抑制子 ;SiteFinding—PCR;生物信息学分析
中图分类号:$855.1 文献标识码 :A 文章编号:1004—874X(2013)23—0133—05
Fulllengthamplificationandbioinformaticsanalysis
oofIi。ronddeeppeennadleennttre,pprreessssoorrt~eneofRReemmeerreellllaa
ana@estiferserotype1(RaDtxR)
XIANGRong,YUELei,LILin-lin,SUNMin-hua,DONGJia-wen,HUQi-lin,YUANJian-feng
(InstituteofAnimalHealthy,GuangdongAcademyofAgriculturalSciences/GuangdongopenLabortatoryofVetedn~yPublic
Health,Guanzhou510640,China)
Abstract:SiteFinding—PCR wasmodifiedtoamplify thefulllength ofiron dependentrepressorgeneofRemerella
anatipestrier,whichwasmoresimple,convenientandtime—saved.TheresultofmodifiedSiteFinding—PCRindicatedthe
amplifiedrfagmentofinterestwas937bpandextended710bp,RaDtxR geneconsisitedof654nucleotideacidsand
encoded217aminoacids.Bioinformaticsanalysisshowedthattherewasacompleteirondependentrepressorsuperfamily
conservedconstructiondomian.RaDtxRsequencewasclosertothediphtheriatoxinrepressorfDtxR)rfomC diphtheriaein
thephylogenesis.The structureofRaDtxR protein modeled onlineusing SW ISS-MODEL contained the typicalHTH
structureofFur/DtxR proteinsreportedpreviously,
Keywords:Remerellaanatipestfierserotype1:irondependentrepressor;SiteFinding—PC
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