蛋白质复合体及蛋白质相互作用研究新策略_化学交联结合质谱分析法.doc

 蛋白质复合体及蛋白质相互作用研究新策略 —化学交联结合质谱分析法 王晓东 ， 李智立 (中国医学科学院基础医学研究所 ， 北京协和医学院基础学院 ， 北 京 100005) 摘 要 ： 近年来化学交联法结合质谱分 析法被广泛用于蛋白质复合体结构及蛋白质相互作用的研究 。 研 究 表 明 这两种方法的有机结合为研究蛋白质复合 体结构及蛋白质相互作用提供了一条新的途径 。 文章对不同类型的化学 交 联 剂 、 质 谱 分 析 中 的 Bottom-up 与 Top-down 两 种 研 究 策 略 ， 以及化学交联法结合质谱分析法在蛋白质复合体 结 构 、 蛋白质相互作用研究中的应用进行 综 述 。 这两种方法的不断发展与完善 ， 将会极大促进生物大分子复合体 结构及蛋白质相互作用的研究 。 关 键 词 ： 化 学 交 联 ； 质 谱 法 ； 蛋 白 质 复 合 体 ； 蛋白质相互作用 中 图 分 类 号 ： Q51 引 言 定氨基酸侧链或官能团 ， 获得氨基酸或官能团的相 0 对空间距离 ， 构建蛋白质的空间结构及蛋白质复合 体亚基的空间排列位置[5,6]。 在生物大分 子 中 能 与 化 蛋白质结构与功能分析 、 蛋白质复合体及蛋白 学交联剂发生作用的 基 团 较 多 ， 如氨基酸中伯胺 、 巯 基 、 羧 基 等 。 随 着 新型化学交联剂的不断合成 ， 质相互作用的研究 ， 一直是蛋白质组学极为重要的 研究领域 。 到目前为止 ， 一些高分辨率 、 高灵敏度 的研究方法已经被广泛应用于蛋白质结构与功能的 研 究 ， 如 X 射 线 衍 射 法 ( X-ray crystallography) 、 交联剂的种类越来越多 。 因此， 化学交联剂将成为 研究蛋白质结构及其相互作用的重 要 工 具 [7]。 化 学 交 联 法 与 质 谱 法 (mass spectrometry， MS) 相 结 合 核 磁 共 振 波 谱 法 ( nuclear magnetic resonance 已经被广泛用于研究蛋白质复合体以及蛋白质相互 作用[8]。 化 学 交 联法与质谱法的有机结合有如下优点 ： (1) 被 分 析 蛋 白 质 或 蛋 白 质 复 合 体 的 分 子 量 ( molecular weight， MW) 从理论上说是无限的 ， 如果被分析物 的 分 子 量 过 大 ， 可 以 采 用 Bottom-up 分 析 策 略[9]； (2)质谱分析速度十 分 迅 速 ， 可 以 极 大 spectroscopy， microscopy， NMR) 和 低 温 电 镜 法 ( cryo-electron cryoEM)[1,2] 等 。 蛋 白 质相互作用的研 究 方 法 主 要 有 ： 噬菌体展示技术 ( phage display ( yeast techniques， PDT) ， 酵 母 双 杂 交 系 统 two-hybrid system， Y2H) ， 串 联 亲 和 纯 化 法 (tandem affinity purification， TAP)， 荧 光 共 振 能 量 转 移 FRET) ( fluorescence resonance energy transfer， 缩 短 分 析 时 间[10,11]； (3)质谱检测灵敏度极高 ， 被 分 技 术 ， 以及表面等离子共振技术 ( surface 析的蛋白质只需飞摩尔 (femtomole) 级 的 量 就 可 满 plasmon resonance technology， SPR) 等 。 这 些 研 足 实 验 要 求[11,12]； (4)易于获得溶液中蛋白 质 三 维 结 究手段的应用使得许多蛋白质的三维结构清楚地呈 构 信 息 ， 并 可 鉴 定出蛋白质的可变结构域 [13～15]； (5)化学交联法结合质谱 法在膜蛋白研究领域的应 现在人们眼前 ， 也直观地把蛋白质复合体中的蛋白 质与蛋白质相互作用呈现出来 。 除此之外 ， 近年来 出现了一种可以获得蛋白质结构信息以及蛋白质相 互作用信息的新方法——化 学 交 联 (cross-linking) 收 稿 日 期 ： 2008-11-29 基 金 项 目 ： 863 计 划 (2006AA02Z154)， 国 家 自 然 科 学 基 金 通 讯 作 者 ： 李 智 立 ， 电 话 ： (010 E-mail： lizhili@ibms.pu