基于TopomerCoMFA方法姜黄素类化合物三维定量构效关系研究.pdfVIP

第 43 卷 第2期 化 工 技 术 与 开 发 Vol.43 No.2 2014 年 2 月 Technology Development of Chemical Industry Feb.2014 基于 TopomerCoMFA 方法的姜黄素类化合物的三维定量构效 关系研究 刘永香，施海枫 （广西师范学院，广西 南宁 530001） 摘 要： 易位体比较分子场（TopomerCoMFA）是一种快速、基于片段分析、可以用于预测官能团、优化生物 活性或结构的3D-QSAR方法。采用TopomerCoMFA对20个姜黄素及其类似物进行三维定量构效关系研究，建立有 效的TopomerCoMFA模型，其交叉验证相关系数q2=0.593，非交叉相关系数r2=0.995，表明该模型合理、可信，并具 有良好的预测能力。 关键词：易位体比较分子场（TopomerCoMFA）；姜黄素类似物；抗肿瘤活性；定量构效关系 中图分类号：TQ 463 文献标识码：A 文章编号：1671-9905(2014)02-0036-03 姜黄素 (curcumin) 是一种天然酚类色素，广泛 一致的叠合规则完成 3D-QSAR 分析的准备工作。 存在于姜科姜黄属植物姜黄、莪术、郁金等的根茎 此外，TopomerCoMFA 与 CoMFA 相比，还具有重复 中。姜黄素具有抗炎、抗肿瘤、抗突变、抗氧化、保 性高的优势。利用 TopomerCoMFA 可快速建立预测 肝、保护 DNA 免受过氧化损伤等 [1-5] 广泛的药理作 模型并进行分析与评价，为同类小分子抑制剂的结 用 , 且毒性很低 , 越来越受到医药工作者的重视。 构优化提供理论依据。 美国国立肿瘤所已将其列为第 3 代癌化学预防药 1.2 化合物小分子的搭建 物。本实验利用 Tripos 公司 Sybyl2.0-X 软件包中 利用 SYBYL2.0-X 的分子绘图功能绘制出化合 的 TopomerCoMFA 方法对 20 个姜黄素类化合物进 物所包含的小分子结构。此时构建的分子是二维平 行了三维定量构效关系研究 , 获得该类化合物的结 面结构。为了得到三维分子结构，需要将构建好的 构与活性之间的构效关系 , 为设计合成新型姜黄素 分子进行能量最小化。加载 Gasteiger-Huckel 电荷， 类抗癌药物提供帮助。 然后使用标准的 Tripos 力场和 powell 能量梯度算 -1 1 研究方法 法，迭代 1000 次，能量收敛限定设为 0.01kJ·mol ， 能量最小化后即得到化合物分子的最低能量构象。 1.1 易位体 比较分子场 1.3 化合物分子断裂方式 易位体比较分子场（TopomerCoMFA）是一个能 TopomerCoMFA 建立模型过程中，断裂方式的 够自动生成 3D-QSAR 模型并且可以预测化合物生 选择会大大影响模型的质量。在本实验中，选择的 物活性或性质的工具。TopomerCoMFA 是由 Cramer