生物医学领域本体网络整合工具研究进展.pdfVIP

医堂建星堂銎垂至Q!Q笙差圣!鲞噩!Q翘 ·医学信息研究· 生物医学领域本体网络整合工具研究进展 李猛吴正荆 (吉林大学公共卫生学院长春130021) [摘要] 介绍3类国内外生物医学领域本体网络整合工具的研究成果，包括生物医学本体网络整合平台、 疾病一药物本体知识发现工具、基因一蛋白质本体集成分析工具，分析其特点及不足，总结本体整合工具 开发过程中应该注意的问题，希望能为相关研究者提供借鉴。 【关键词] 生物医学；本体；整合工具；关系抽取 Research on Web Toolsin ／2 Public ProgressOntologyIntegratingBiomedicineField Meng，WUZheng—j，增，Schoolof Health，五linUniversity，Changchun130021，China introducesthreekindsof web toolsreseal℃hachievementsinbiomedicinefieldbothdomes— [Abstract]Thepaper ontologyintegrating ticand biomedicineweb abroad，includingontology platform，disease—medicineontologyknowledgediscoveringtool，gene— integrating as t001．It thefeaturesof tools鹊welltheir the ontology mainly protein integratinganalysis analyzes every inthe ofthe toolsinorderto referencetoresearchers． problemsdevelopmentprocessontologyintegrating provide Biomedical extractesion [Keywords] science；Ontology；Integrationtools；Relation 20世纪90年代以来，随着计算机科学、信息将本体定义为整个现实世界(本体)的基本特征。 学、生物医学的基因组学、蛋白组学、代谢组学等 目前，基于本体的研究与应用呈现快速的发展趋 学科的不断迅速发展，相关医学文献资源数量正在 势，从而不断完善了相关的基础理论，乃至开发了 呈现几何级数增长，如何有效利用这些庞杂的资源 许多应用于不同领域的技术产品，这些都为医学研 成为许多学者关注的焦点，目前逐渐发展成熟的本 究提供了帮助。基于已有的数据库或本体，来整 体研究正在致力于解决这些问题。早在公元前4世 合、分析、获取有价值的数据相互关系，受到越来 纪哲学家亚里士多德所确立的重要哲学分支“meta·越多的重视。国内外专家学者正在研究创建基于典 型本体的网络整合工具，并取得了很大的进展和 physics”就是“关于存在的科学”，在很长时间里， 成果。 本体论也一直被看做是metaphysics的同义词…，他 [修回日期] 2010—08—29 1 生物医学本体网络整合平台——PubOnto [作者简介] 李猛，硕士研究生，发表论文2篇；通讯作 者：吴正荆，博士，教授，发表论文40 PubOnto是一种基于本体的开放性生物医学 余篇。 【基金项目】 教育部社会科学基金项目(项目编号：